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实验室自动化丨NGS自动建库仪巅峰对决:全方位比较解析

2024-12-13 14:13| 编辑: 归去来兮| 查看: 119| 评论: 0|来源: 健康守望角

摘要: 部分设备在应用方面已达到相当成熟的水平


我初步罗列一下,许多公司都推出了相关仪器,如华大智造、杰毅、思路迪、迈基诺、诺唯赞、纳昂达、何因生物、艾吉泰康、微远、微岩医学、予果、燃石医学、奥美泰克、汉赞迪、奥盛、耐优、镁伽等。


据我所知,在上述提及的公司中,部分设备在应用方面已达到相当成熟的水平。如华大智造MGISP-100/MGISP-960/DNBelab-D4诺唯赞VNL-96、杰毅生物NGSmaster、思路迪ANDiS(iCubate)、燃石医学Magnis BR(安捷伦)、何因生物LibCap。


我本人对杰毅NGSmaster、思路迪ANDiS等卡盒式建库仪极为赞赏。任何阅读过解放双手,首选卡盒式建库仪!这篇文章的读者,想必也能察觉到我对这类设备的推崇。在我看来,卡盒式建库仪已经逼近了实验室自动化3.0版本,相较于工作站形式的2.0版本建库仪,这无疑是一个巨大的飞跃。



自从撰写了这篇文章之后,我几乎被自己所洗脑,觉得这类卡盒式建库设备才是NGS自动化的未来。我认为这类设备拥有众多显著优势,如操作简便、能有效防止交叉污染,以及提供极高的建库灵活性。


然而,在深入思考之后,我逐渐意识到,尽管这两款设备颇具优势,但它们仍有所不足。


主要是因为下一代测序技术(NGS)的应用极为广泛/复杂,不同的应用领域和用户群体对于自动化的需求存在着显著的差异。


测序策略和流程同样错综复杂。以DNA测序为例,即便进行简单的分类,也至少包括全基因组测序(WGS)、全外显子组测序(WES,即探针捕获)、靶向测序panel(探针捕获)以及靶向测序panel(基于扩增子的建库方法)等几种不同的测序方式。


不同的应用场景,对应着不同的测序策略与流程。



杰毅NGSmaster主要应用于mNGS(WGS,pcr-free)、思路迪主用应用于肿瘤伴随诊断,基于panel sequcing(扩增子建库,两轮PCR反应)。


而对于WES(探针捕获)靶向测序panel(探针捕获),这两台设备均不适用。


*由于WES(探针捕获)和靶向测序panel(探针捕获)均采用探针捕获技术,部分内容将直接以“探针捕获”这一术语来进行展开讨论。


相较于全基因组测序(WGS)和靶向测序panel(基于扩增子的建库方法),”探针捕获“的实验流程确实更为复杂。据我了解,安捷伦公司已经在解决这一流程的自动化问题上取得了成功,燃石医学Magnis BR是他们的典型案例,据了解,该产品在终端应用方面的表现颇为出色。另外,何因生物的LibCap系统在行业内的应用反馈也相当正面。


无论是安捷伦还是因生物,它们都具备提供专业探针设计的能力。因此,我也坚信,安捷伦、纳昂达、艾吉泰康、何因生物等提供专业探针设计的企业在探针捕获自动化领域具有显著的技术优势。


这些公司推出的自动化设备,在技术路线上,依旧沿用了基于移液工作站形式的设计理念。然而,我认为他们相较于自动化仪器制造商拥有更为显著的优势,这是为什么?


要充分发挥自动化设备(移液工作站)的作用,硬件、软件、试剂和耗材,这四大要素缺一不可。除此之外,人的作用更是至关重要。


自动化设备(移液工作站)相较于其他通用设备,存在显著差异。


具体来说,离心机这类通用设备,一旦购置回实验室,简单开机即可投入使用。然而,以建库仪为代表的自动化设备在投入使用前,设备上每个模块都需要经过细致的性能验证,以确保各个组件运行无误,在此基础上,还需进行一系列应用测试,以保障设备的实验结果与人工操作相一致的高准确性和可靠性。


有时候,即使出厂合格的产品,经过运输至客户端现场,也会因为环境变化、运输不当或环境条件不符等原因,出现性能波动或功能异常。他们需要现场快速诊断问题所在,进行精准调试和必要时的维修,确保设备能够尽快恢复正常运行。


这些任务的工作量极其庞大,从硬件、软件到试剂、耗材,方方面面都需要精心考虑,因为在这个过程中,遇到各种始料未及的问题都不是怪事,引用交流群中一位老师的话,这是个高度交叉学科,耗材形状都能影响巨大。


让一堆金属乖乖听话有多难!

几百个零件凑在一起,牛顿爱因斯坦爱迪生特斯拉以及克里克沃森的话都得听!


从这个角度去思考,其实没有哪一家公司已经站在了胜利的制高点。


各家公司彼此之间,并非只有竞争,完全可以探索合作的可能性,共同迈向共赢的未来。



自动化仪器制造商有一些应用很成熟的案例,如Tecan Freedom Evo 150、Hamilton ANNOSTAR、Beckman i5/i7、PerkinElmer Zephyr等。但据我所知,更多的是失败案例,许多基因检测服务提供商都曾购置过Tecan、Hamilton、Beckman、PerkinElmer等知名品牌的设备,且大多数设备最终沦为了实验室角落中昂贵的摆设,真正投入使用的寥寥无几。


我曾向使用Tecan、Hamilton等设备的老师们请教,他们普遍反映这些公司的工程师对实际应用了解不足。当时由于选择有限,他们不得不投入大量心血,亲自协助进行各项测试。


目前,这些公司大多正积极探索国产替代方案。据我所知,情况似乎并不太令人满意。他们普遍优先选择奥美泰克、迈迪克等自动化仪器制造商,尽管品牌更换频繁,却始终未能达到预期。问题的关键其实就是我前面提及过的,测试到最后,实验结果不尽如人意,仪器公司往往无法有效解决实验中的问题,最后双方不欢而散。(双方其实都投入巨大,结果是双输。)


我想,这些公司(通常是基因检测服务提供商)或许可以转变思路,尝试与专注于试剂开发的厂商寻求合作与帮助。



华大智造不仅以卓越的测序仪产品系列著称,其自动化建库系列产品也同样齐全且先进。低通量的SP-100系列,高通量的SP-960系列,还有主打灵活通量的SP-Smart 8系列,对于超日高通量的需求,有Glab这种多设备的整合方案,在实验环境比较苛刻的场景,也有随时随地,即插即用的DNBelab-D4产品。这些产品线,全面覆盖了低中高通量,多种复细分需求场景下,从样本提取到测序上机前的全流程解决方案,特别是基于微流控技术打造的DNBelab- D4,走到了行业最前沿。



至于自动化仪器制造商们,也不妨转换你们的策略,将那些专注于试剂开发的厂商定位为你们的关键合作伙伴。与这样一家厂商的成功合作,其价值可能远超与几十家终端用户签订协议的总和。基于我目前积累的销售经验,销售一台自动化设备(终端)与销售一百台设备(试剂厂商)相比,挑战性并没有太大差别。因此,为何不考虑采取OEM(原始设备制造)的模式呢?



当然,对于专注于试剂开发的厂商而言,自主研发设备与否不是最关键的成功因素,很多公司即使研发设备,但耗材也不是自己的,制约因素同样显著,所以到底是自研还是非自研,真的那么重要吗?


相反,打造一个既强大又全方位的应用支持团队(涵盖售后服务),或许才是更具决定性的关键所在。


除了自主研发和选择贴牌现有自动化仪器制造商的产品之外,另一种策略是寻觅一位可靠的合作伙伴,委托其提供合同研发与制造服务(CDMO)。


我曾前往苏州拜访客户,期间访问了一家名为苏州汇瑞康医疗科技有限公司的企业。他们专注于自动化、半导体和光学检测等底层技术,致力于体外诊断仪器和科研仪器的定制开发与快速规模化生产。公司老板称自己为“IVD隔壁老王”,在和他交流过程中,我得知他们公司每年都能定制开发出十余款仪器,其研发实力和工作效率均令人瞩目。更为关键的是,他对测序应用领域的深刻理解和对前景的积极展望,给我留下了极为深刻的印象。

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