上篇文章介绍了采用164个SNP位点进行区分不同水稻品种：多少分子标记可以区分不同水稻品种。今天接上篇文章，继续往下实验，又找到了6个不同的水稻品种。利用多重PCR结合NGS技术进行鉴定，获得如下的鉴定结果，MAF最低为3.3%，missing_data最高是12.5%，位点检出率为99.8%，整体检出效果比较好。然后利用这些检出的SNP信息，进行品种区分。如下图所示，共计6个品种，做了16个测试（做了重复实验）。利用SNP信息，进行聚类分析，鉴定不同品种。从聚类分析结果，来看6个品种可以进行聚类区分（如下图聚类分析进化树）。
因此，通过实验验证，100-200个SNP信息，可以做的事情很多。如果有更多的水稻品种，我们可以一起研究下现在已开发的这个多重PCR的水稻panel，或者其他品种的panel开发。
我也用这个panel做了性状功能的分析，如下图，2个不同性状的水稻，也可以通过测序和验证锁定关联的SNP位点（也许是运气好，毕竟只有164个SNP），为后续育种提供帮助。
多重PCR技术，可以应用的方面挺多的，做起来也简单方便，应该可以在许多方面进行开发。
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