PCR+毛细管电泳法是MSI检测的金标准,具体做法是: 首先分别提取肿瘤样本和对照样本(正常组织或者血液)的DNA,然后使用试剂盒进行PCR扩增,并采用基因分析仪进行DNA片段分析,比较肿瘤组织和对照样本中各微卫星位点的电泳图峰型和数目,判断肿瘤组织相应位点的不稳定状态。 如下Promega MSI Panel电泳图示例,癌症组织样本每个MSI位点有两个峰(如果十分稳定的位点则只有一个峰),下面方框内数字为每个峰对应长度值,其中一个峰应和右侧的对照样本一致,主要通过这两个峰的长度差别来判断位点是否稳定。 MSI版本主要有以下三个: 第一个:1997年美国国家癌症研究所(NCI)提出的“2B3D” Panel,该Panel包括2个单核苷酸位点(BAT-25和BAT-26)和3个双核苷酸位点 (D2S123、D5S346和D17S250); 第二个:2002年,美国NCI对MSI的检测进行修订和补充,推荐含有5个单核苷酸位点(BAT25 , BAT26 , NR21,NR22 , NR24)构成的Pentaplex Panel; 第三个:2006年Promega公司发布的新体系。将Pentaplex Panel中的NR-22替换为MONO-27,包括5个单核苷酸位点(BAT25 , BAT26 , NR21,MONO-27, NR24)和2个对照位点(PentaC和PentaD)。 其中国内外权威指南和专家共识推荐MSI检测方法主要是2B3D Panel和Promega Panel。 至于判断标准都是有2个或2个以上的微卫星位点不稳定为MSI-H,一个为MSI-L,都稳定的话为MSS。 至于获批的试剂盒:从2021年1月桐树生物的首个MSI试剂盒获批,至今已有4个试剂盒获批,汇总如下: 检测的位点与上述三个Panel的位点整体一致: 桐树生物的MSI试剂盒为标准的2B3D Panel;阅微基因和鑫诺基因试剂盒靶点一致,都为Pentaplex和Promega的位点合集;艾德生物的试剂盒则在Promega Panel的基础上将NR-21替换为了新的靶点CAT-25。 这些位点的序列信息如下: 检测时,一般同时也会检测质控位点,主要用于检测样本是否配对: Penta D、Penta E 以及 Penta C 位点都是五核苷酸重复序列(AAAGA,AAAAG),这些位点具有较高的多态性,广泛应用于法医分析、亲子鉴定检测中。 Amelogenin (Amel) 基因位点主要用于性别鉴定。该基因在X和Y染色体上均有存在,但X和Y染色体上的Amelogenin基因有不同的长度差异,利用这一点可以区分样本的性别。 获批用途: 前三个获批试剂盒:桐树生物/阅微基因/鑫诺生物都是辅助诊断试剂盒,三者获批用途如出一辙,都获批只能用于结直肠癌患者FFPE样本的检测。 艾德生物的试剂盒则获批能用于所有实体瘤患者的FFPE样本的检测,同时开辟了伴随诊断(百济神州的替雷利珠单抗)的先河,高了两个level。 另外NMPA审评中心公布了艾德生物MSI试剂盒的审评报告,关键几点: 艾德生物的MSI试剂盒检测5个目标MSI位点+两个对照Penta位点 检测限LOD: 检测阈值:使用了920个泛癌种实体瘤临床样本确定阳性判断值,阈值为3bp 临床一致性验证:纳入了1000+跨多个癌种的样本进行一致性评估 伴随诊断临床实验: |