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Somalogic/Aptagen/Aptamer Group/灵思智康等公司解读 | 开启核酸适配体蛋白质组学研究新篇章

2024-8-26 17:37| 编辑: mango524| 查看: 1088| 评论: 0|来源: 蛋白代谢多组学课堂|作者:一枕窗书

摘要: 根据MARKETSANDMARKETS的报告,到2026年,全球蛋白质组学市场规模将达到 55.9 Billion美元。


导读

根据MARKETSANDMARKETS的报告,到2026年,全球蛋白质组学市场规模将达到 55.9 Billion美元。


01

核酸适配体简介


1990 年 , Tuerk 等提 出 了 一 种 新 的 体 外 筛 选 和 扩 增 核 酸 的 方 法, 命 名 为 SELEX(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,指数级富集配体系统进化),但当时他们并没有对这种 RNA 寡核苷酸进行命名,只是称其为配基。


核酸适配体aptamer(又称适配分子或适配子这一概念是由 Ellington 和Szostak 提出的,它来源于拉丁语 aptus(匹配的意思)和希腊语“meros”(即小的颗粒)。


核酸适配体是利用 SELEX 技术,从人工合成的特定的寡核苷酸库中筛选出的能与靶标分子(蛋白质、病毒、细菌、细胞、重金属离子等)特异结合的特定序列,是一段 ss DNA 或 RNA 序列,一般长度小于 100 nt,中间有 20-60 nt 的随机序列,两端有恒定的引物结合位点,在没有互补链的情况下自身可折叠成独特的二级或三级结构,通过氢键,范德华力,疏水和静电等相互作用特异性与靶标结合。




02

核酸适配体筛选原理

总结

核酸适配体筛选过程始于化学随机合成寡核苷酸库,这个库包含 10^13 ~10^16 不同序列。该寡核苷酸库所包含的各种不同种立体构象,几乎可以与自然界存在的所有种类的靶分子结合。

适配体筛选过程一般包括下列步骤:(1)筛选文库设计;(2)靶标准备;(3)适配体与靶标孵育;(4)序列分离;(5)PCR 扩增;(6)ssDNA 的分离;(7)测序;(8)post-SELEX 及修饰。


SELEX 技术发展至今,已经涌现了多种改良的技术方法

1 导向 SELEX(blended SELEX)

2 基因组 SELEX(genomic SELEX)

3 多靶分子 SELEX;

光交联 SELEX(photo SELEX);

自动化 SELEX(automated SELEX);

毛细管电泳 SELEX(CE-SELEX);

微流控芯片 SELEX;

微阵列芯片 SELEX;

粒子展示 SELEX;

10 硝化纤维素膜 SELEX;

11 凝胶电泳 SELEX;

12 氧化石墨烯 SELEX;

13 离心 SELEX;

14 表面等离子共振(SPR)SELEX;

15 微珠/磁珠 SELEX(bead-based SELEX);

16 Negative SELEX;

17 In vivo SELEX;

18 Cell SELEX;

19 FluMag-SELEX;

20 SOMAmer SELEX (Slow Off rate Modified Aptamer);

21 Yeast Surface Display-SELEX (YSD-SELEX);

22 In Silico Aptamer;

23 微流控自由流电泳芯片 SELEX(μFFE SELEX)



03

基于核酸适配体的蛋白质检测方法


  方法文献如下:

  https://doi.org/10.1016/j.snb.2017.02.060

  基于适配体的即时诊断平台 - ScienceDirect

  

01ELASA

ELASA(enzyme-linked aptamer sorbent assay)方法是目前报道较多的方法,与 ELISA 技术比较类似,ELASA 使用适配体替换了 ELISA 实验中的抗体,ELASA 方法需要的仪器设备便宜,适合在实验室开展。


实验中,首先将抗原固定在固相载体表面,在高 pH 条件下让生物素标记的Aptamer 与抗原结合。通过清洗去掉未结合的序列,最后结合在固相载体上的 Aptamer 与标本中抗体的量成一定的比例。加入反应的底物后,底物被酶催化变为有色产物。ELASA 的方法有直接法、间接法和夹心法三种。但是使用直接法 ELASE 进行检测时,高 PH 的条件会蛋白的三级结构,从而影响到检测。


02纳米材料法

采用适配体作为识别分子,利用纳米材料(如硅纳米颗粒,纳米金,量子点,碳纳米管,石墨烯等)转导放大信号,可实现对靶物质的高选择性、高灵敏度、简便快速的检测。



虽然适配体纳米金比色分析技术具有很多优点,但是从学术研究到实际应用还有一定的距离。一方面适配体与靶标的结合经常受到 pH 值、离子强度等因素干扰,从而影响适配体的亲和力和检测的灵敏度;另一方面纳米金作为一种胶体更是对离子强度比较敏感,产生非特异的纳米金溶液颜色变化,影响检测方法的特异性。由于通常检测的诸如血液等样品基质都比较复杂,因此将来还需要对适配体纳米金反应体系进行研究,与待检样品提取与净化方法研究相结合,开发真正能够用于实际样品检测的适配体纳米金分析技术


03微流控芯片法

免疫分析的滚环放大技术(immuno-RCA)是一种基于免疫分析、高灵敏的核酸放大技术。RCA 可以在室温、恒温下进行 DNA 扩增,不需要特殊的仪器。


研究者以检测凝血酶为例,将微流控芯片技术和功能性核酸适配体的免疫分析技术相结合,发展了一种快速简单、高灵敏度、易于携带的装置,用于生物标志物的分析。此方法在微流控芯片上平行的排列了多个微通道,并在通道上修饰具有特异性的核酸适配体目标蛋白质进行高通量、特异性捕获和分析,降低了基质干扰。利用滚环扩增和 G-四链体 DNAzyme的作用,实现了信号的放大,提高分析的灵敏度,降低检测局限。同时,根据颜色的变化,可以通过肉眼进行初步的判断。



其他技术还包括:
1 斑点杂交法;
2 荧光法

3 电化学法:标记型电化学适配体传感器,非标记型电化学适配体传感器,压电适配体生物传感法

4 色谱质谱法;

5 侧向层析测定法等。


04

国内外基于适配体的蛋白质检测公司




国际基于适配体的蛋白质检测公司:

 1 Somalogic

       

1)Somalogic

SomaLogic是一家AI驱动的蛋白组学公司,其技术平台SOMAscan(基于单链DNA的SOMAmers试剂富集蛋白,荧光检测)可以实现一次抽血检测7000种蛋白质,涵盖50种疾病。



 2 APTAGEN

       

2)APTAGEN

该公司已成功开发Apta-Beacon™试剂盒,可快速检测多种靶标https://www.aptagen.com/ 


 3 Aptamer Group 

       

3)Aptamer Group

该公司提供高通量 aptamer 筛选服务,生物标志物发现和验证工具


其他适配体公司主要是开发和筛选适配体,未来可能会涉及蛋白质组学应用开发

Base Pair Biotechnologie;

Neoventures Biotechnology;

AptSci;

CibusDx;

Sekisui diagnostic


国内基于适配体的蛋白质检测公司

 1 灵思智康

       

1)灵思智康


其他适配体公司主要是开发和筛选适配体,未来可能会涉及蛋白质组学应用开发

安徽昂普拓迈生物科技;

上海伯豪医学检验所;

上海生工;

广州然科;

天津翼骏

Sekisui diagnostic

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