全外显子组测序揭示新辅助免疫治疗对EGFR突变型非小细胞肺癌的疗效

这项研究计划招募35例EGFR突变的NSCLC患者，进行3个周期的新辅助信迪利单抗（Sintilimab）联合白蛋白紫杉醇和卡铂治疗。该试验的主要终点为主要病理缓解率（MPR），次要终点包括病理完全缓解率（pCR）、无事件生存期（EFS）、总生存期（OS）以及安全性。

研究采用Simon二阶段设计，第一阶段筛选了18例符合条件的EGFR突变患者入组。接受治疗患者的年龄在48至73岁，44%为男性，多数为非吸烟者。研究人员在围手术期收集了活检和切除的组织样本以及外周血，开展了全外显子组测序（WES）、大量细胞RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序/TCR测序分析，并说明了与病理缓解之间的关联。

所有18例患者均接受了3个周期的新辅助免疫治疗以及手术切除。其中14例患者（78%）达到部分缓解（PR），4例患者（22%）病情稳定（SD）。在接受手术的患者中，8例患者（44%）达到了主要病理缓解，其中4例患者接近病理完全缓解，残留活性肿瘤（RVT）为1%。三级及以上不良反应发生率为39%，最常见的不良反应是脱发、恶心、感觉异常和粒细胞减少。

在分析入组患者的基因组等特征后，研究人员发现治疗前携带TP53错义突变的患者缓解率更高（80% vs. 14%，p = 0.07），无吸烟史的患者也更有可能达到主要病理缓解（100% vs. 50%，p = 0.04）。他们还发现，人类白细胞抗原杂合性缺失（HLA-LOH）阴性和染色体不稳定性较高的患者更有可能从新辅助免疫治疗联合化疗中受益。

在新辅助治疗策略中，循环肿瘤DNA（ctDNA）可作为重要的生物标志物。研究人员收集了12例患者的血液样本并开展分析。他们发现所有12例患者都能检测到ctDNA，其中81%的患者在基线时能检测到相应的EGFR突变。在新辅助治疗期间，ctDNA阳性的患者数量减少。在术后6个月，尽管5例患者中有1例检测到ctDNA，但这5例患者的胸部CT、颅内MRI和癌胚抗原检测仍为阴性。

通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，研究人员还发现，CXCL13+ Tex细胞和CCR8+ Treg细胞的浸润以及T细胞受体（TCR）扩增能够有效区分应答者。无论PD-L1状态如何，治疗前具有CCR8+ Treghi/CXCL13+ Texhi表型的患者有较高的应答率和长期获益。他们认为，这种表型可应用于接受免疫治疗的EGFR突变型NSCLC患者，以鉴定潜在的受益者，但还需要更大的样本量来进一步验证。

值得一提的是，在对患者标本进行全外显子组测序时，研究人员使用了Twist Human Core Exome kit（Twist Bioscience）。这款试剂盒包含了文库制备和富集组分，能够降低测序成本，提高样本通量，并在目标区域实现更高的覆盖深度，且质量不会受到影响。

它覆盖33 Mb的人类蛋白质编码区，ClinVar突变覆盖度达99%。且测序量仅为5.3G时，99.3%的靶向区域覆盖度达20x。它采用性能优化的高保真双链DNA探针，并对所有探针进行NGS质量控制，确保目标区域被均一富集。它还支持将其他区域添加至核心外显子组，额外构建不同的区域。设计优化迅速，交付时间短，缩短了定制外显子组总体的开发时间。模块化的试剂盒使得工作流程更加灵活，容易整合到现有方案中。

对于局部晚期EGFR突变型NSCLC，该研究证明了新辅助信迪利单抗联合化疗的临床可行性和安全性。这些结果为新辅助免疫治疗的使用提供了支持数据，并有助于了解EGFR突变型NSCLC的免疫耐受情况。