立即注册找回密码

QQ登录

只需一步,快速开始

微信登录

微信扫一扫,快速登录

手机动态码快速登录

手机号快速注册登录

搜索
小桔灯网 门户 资讯中心 遗传缺陷 查看内容

CNV-seq哪家强?

2024-3-28 21:03| 编辑: 小桔灯网| 查看: 1168| 评论: 0|来源: 基因检测与解读

摘要: CNV-seq技术再次引发大家关注。

近期,贝瑞基因“染色体拷贝数变异检测试剂盒(可逆末端终止测序法)”(国械注准20243400528)获国家药品监督管理局(NMPA)批准上市。CNV-seq技术再次引发大家关注。

来源:国家药品监督管理局网站

该试剂盒用于体外定性检测孕妇的羊水样本中第13号、18号、21号、性染色体的非整倍体,以及第15号染色体q11.2-q13区域、7号染色体q11.23区域的缺失情况,同时涵盖染色体非整倍体及多个CNV疾病。

但其实,贝瑞基因提供的全基因组拷贝数变异检测整体解决方案,除了包括试剂盒所含疾病外,还包括23对染色体非整倍体、大于100Kb的全基因组拷贝数变异、大于10%的染色体非整倍体嵌合,联合STR技术可检测三倍体及部分其他异倍体、提示10种ACMG指南明确的UPD疾病类型。

产前诊断供给不足,传统技术存在局限

生命孕育的起点,微小的变化可能牵动着未来的命运。出生缺陷是影响出生人口素质和健康水平的重要公共卫生问题。其中,染色体异常约占出生缺陷遗传学病因的80%以上,包含染色体数目异常及结构异常。产前诊断是预防出生缺陷的重要方式,但在我国人口基数和5.6%出生缺陷发生率的背景下,每年新增出生缺陷人口数量巨大,我国产前诊断供给量长期严重不足。

多年来,染色体核型分析技术一直被认为是确诊染色体畸变的“金标准”,也是染色体病产前诊断的一线检测方法,但其检测周期长、分辨率较低,无法检出5Mb以下的CNVs。而另一经典CNV检测方案基因芯片虽然检测分辨率较高,但是操作复杂,通量有限,成本高,技术门槛高,对嵌合体检测效能有限。

2019年4月10日,中华医学遗传学杂志发表了《低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识》,总结了CNV-seq在产前诊断应用的优势、适用情况、局限性以及遗传咨询等内容,共识建议具备条件的产前诊断机构可将CNV-seq作为一线产前诊断技术应用于临床。自此,CNV-seq逐步替代芯片,成为染色体检测的新晋手段。

小贴士



CNV-seq 是指采用高通量测序技术对样本 DNA 进行低深度全基因组测序,将测序结果与人类参考基因组序列进行比对,通过生物信息分析以发现受检样本存在的 CNVs。

技术优势

(1)检测范围广:覆盖全染色体非整倍体、大片段缺失/重复及全基因组 CNVs;

(2)高通量:一次最高可检测80个样本,可更好地缓解当前产前诊断服务供给严重不足的矛盾;

(3)操作简便:实验流程简便,数据分析自动化程度高,质控标准清晰,报告周期短,可在显著节省人力的同时降低人为误差风险;

(4)兼容性好:一台高通量测序仪可同时进行无创产前筛查(NIPS)和 CNV-seq 检测,有效节约实验室的空间和设备成本;

(5)低比例嵌合体的检测:CNV-seq技术可对临床10%以上非整倍体嵌合体精准检测及报出;

(6)低DNA样本量的检测:CNV-seq技术可精确检测低至10~50 ng的DNA样本,无需细胞培养,显著缩短诊断周期。


国内首发系统,破CNV解读困境


随着CNV-seq作为一线产前诊断技术在临床迅速普及,如何快速准确地对CNV进行分类,实现CNV的精准解读,成为临床遗传分析人员的痛点和挑战

贝瑞基因率先推出CNVisi®原发性拷贝数变异智能化解读报告系统,内置20+权威公共数据库及百万中国人CNV内部大数据,集成贝瑞基因自主研发的7大解读知识库,保障注释信息的全面性、准确性及实时性,解读结果与金标准结果二分类一致率≥95%。并且该软件支持参数自定义设置,注释信息及打分依据清晰明了,节省遗传分析人员90%的操作时间,极大降低了CNV解读的难度和门槛。同时基于50万+份CNV-seq临床报告实践,AI深度语义学习,智能撰写报告,专业起步,持续引领行业同类软件开发及应用。

如今,CNV-seq已逐步成为适合我国国情的一线产前诊断技术,助力我国出生缺陷防控事业有效落实。

强强联合,CNV-seq与WES联合应用


同步进行CNV-seqWES能够全面检测包括CNVSNV/InDel在内的先天性缺陷。对于CNVSNV/InDel为反式排列的复合杂合变异,双重诊断将提高诊断率。北京协和医院刘俊涛教授团队联合湖北省妇幼保健院陈欣林教授在湖北省招募1800名孕周超过11周且超声结构异常或颈项透明层(NT)增厚的单胎孕妇。最终,共计959个(男胎:557;女胎:402)家系符合入组条件并接受CNV-seq WES联合检测,共计227例检出致病性CNVSNV/InDel,在10名胎儿中同时检测致病性CNVSNV/InDel 3

CNV-seq+WES技术的结合将在未来对出生缺陷的预防发挥高效、精准、强有力的作用。

结语:

贝瑞基因CNV-seq检测试剂盒的获证,标志着我国全面开启产前诊断合规化时代。相信未来会有更多的基因测序技术应用于临床,持续助力我国出生缺陷防控体系全面建设!

参考文献

  1.  1.    Riggs ER, Andersen EF, Cherry AM, Kantarci S,
    Kearney H, Patel A, Raca G, Ritter DI, South ST, Thorland EC, Pineda-Alvarez D,
    Aradhya S, Martin CL. Technical standards for the interpretation and reporting
    of constitutional copy-number variants: a joint consensus recommendation of the
    American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and the Clinical
    Genome Resource (ClinGen). Genet Med. 2020 Feb;22(2):245-257. doi:
    10.1038/s41436-019-0686-8. Epub 2019 Nov 6. Erratum in: Genet Med. 2021
    Nov;23(11):2230. PMID: 31690835; PMCID: PMC7313390.

  2.  2.    中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组,中国医师协会医学遗传医师分会遗传病产前诊断专业委员会,中华预防医学会出生缺陷预防与控制专业委员会遗传病防控学组. 低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识[J]. 中华医学遗传学杂志,2019,36(4):293-296.
    DOI:10.3760/cma.j.issn.1003-9406.2019.04.001.

  3.  3.    Xinlin Chen, Yulin Jiang,Ruiguo
    Chen, Qingwei Qi,Xiujuan Zhang, Sheng Zhao,Chaoshi Liu,Weiyun Wang,Yuezhen
    Li,Guoqiang Sun, Jieping Song,Hui Huang,Chen Cheng, Jianguang Zhang,Longxian
    Cheng,Juntao Liu.  Clinical efficiency of
    simultaneous CNV-seq and whole-exome sequencing for testing fetal structural
    anomalies. J Transl Med. 2022 Jan 3;20(1):10.doi:10.1186/s12967-021-03202-9

声明:
1、凡本网注明“来源:小桔灯网”的所有作品,均为本网合法拥有版权或有权使用的作品,转载需联系授权。
2、凡本网注明“来源:XXX(非小桔灯网)”的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。其版权归原作者所有,如有侵权请联系删除。
3、所有再转载者需自行获得原作者授权并注明来源。

鲜花

握手

雷人

路过

鸡蛋

最新评论

关闭

官方推荐 上一条 /3 下一条

客服中心 搜索 官方QQ群 洽谈合作
返回顶部