《Scientific reports》：个性化ctDNA微面板监测（TNBC）预后

新辅助治疗广泛应用于三阴性乳腺癌（TNBC）患者。这种治疗方法允许在体内评估临床有意义的反应，从而能够快速识别用于定制辅助全身治疗的有效药物。接受新辅助全身治疗的TNBC患者中，约30%至65%的患者实现了病理完全缓解（pCR）。未达到pCR的患者往往复发率高，总体生存率低。非pCR患者的3年远处复发风险为27%，而达到pCR的患者为9%。新辅助化疗后的3年无事件生存率在无pCR患者中约为57%-68%，而在pCR患者中为92%-94%，一旦TNBC复发，中位生存期仅有18–28个月。化疗无法根除微小残留疾病被认为是由于对化疗具有内在抗性的细胞逃逸，而常规临床实践中使用现有工具无法检测到这些细胞。

在这种情况下，液体活检测量循环肿瘤DNA（ctDNA）为评估化疗的实时反应提供了一种有希望的工具。在晚期TNBC中，下一代ctDNA测序显示出与组织活检中发现的突变高度一致。ctDNA也被评估为预测乳腺癌患者预后的一种有前景的工具。

大多数早期TNBC患者ctDNA的传统测序方法都使用了针对TNBC中常见的复发突变基因的通用模板。在这些研究中，模板不包括每个个体肿瘤特有的体细胞变体。由于TNBC具有高度的患者间异质性，这样的通用分析可能会忽略患者特有的分子变化。

近日，一组来自美国的研究团队在杂志Scientific reports上发表了一篇题为“Personalized ctDNA micro-panels can monitor and predict clinical outcomes for patients with triple-negative breast cancer”的文章，在文章中，研究团队报告了一项对50名患者的研究结果，试图确定化疗前、化疗中和化疗后的纵向追踪ctDNA水平是否可以预测正在进行的前瞻性试验中治疗的TNBC患者的临床结果。

图片来源：Scientific reports

纵向调查ctDNA的队列共包含50名患者，平均年龄为52岁（25-74岁），32%为非裔美国人，84%临床分期为II期。7名患者（14%）出现疾病复发，5名患者（10%）在报告生成时死亡。

样本采集和测序方法概述。图片来源：Scientific reports

在基线正常和配对肿瘤样品进行全外显子组测序。在所有靶向外显子位置，正常和肿瘤样本的中位数覆盖率为79个碱基和73个碱基。所有肿瘤的体细胞变异中位数为77.5（下图）。总共鉴定出7513个变体。在86%的肿瘤中发现了TP53突变（n = 43例患者）。两个样品（NTN069和NTN056）具有较高的突变负荷（＞ 750个变体）；两个患者都没有观察到BRCA1/BRCA2变体。在所有50名患者中选择了208个WES变体，用于开发定制ctDNA微面板。

在基线（T0）时，有8个样本具有肿瘤组织的WES和定制的外周血ctDNA微面板测序。在8个样本中的33个可检测变异中，82%（n=27个变异）在组织和外周血中都可检测到，这证明了肿瘤测序与外周血测序的准确性和一致性。基线肿瘤组织中变异的平均VAF为32.9%，而外周血中变异的VAF为0.33%。

肿瘤/匹配正常基因组DNA基线（T0）WES瀑布图。图片来源：Scientific reports

总共，针对所有50个患者样本的208个独特变体。在本研究分析的50名患者中，有7名患者在疾病监测期间报告了临床复发。其中4例在报告复发的6个月内进行了ctDNA测序（下图）。四名患者中有三名在报告临床复发之前表现出患者特异性扩增子特征的分子复发，另外一名患者在手术时表现出持续性/残留性疾病，然后在手术后2个月复发。另外有3名患者出现临床复发，但他们最近的ctDNA时间点在复发前6个月以上，排除了ctDNA微面板预测临床复发的能力。这些数据表明，如果在临床复发的6个月内进行ctDNA微组，则使用ctDNA微板在临床复发之前检测到4名患者中的4名患者的分子复发。

21名患者在监测期间未出现临床复发。其中17例使用定制ctDNA微面板显示分子缓解。有4名患者表现出潜在的分子复发，但没有临床复发。一名患者（NTN0022）在预计的临床复发时间内失去随访。其他3例患者在潜在的分子复发后至少随访22个月。鉴于每个样本的3-4个变体中只有一个在分子水平上被检测为阳性，这些样本可能是假阳性。

临床复发前表现出分子复发的患者。图片来源：Scientific reports

在本研究中分析的50名患者中，25名患者可用于评估ctDNA作为复发的生物标志物。如果定制ctDNA微面板中的任何变体具有VAF > 0.005%，则确定样品具有阳性ctDNA结果. 在每个时间点对每个患者进行评估，以确定阳性率。在8名pCR患者中，只有1名患者（12.5%）在缓解期间时间点显示ctDNA阳性。相反，在17名无pCR的患者中，8名患者（47%）在缓解期至少一个时间点显示ctDNA阳性。pCR患者与非pCR患者的阳性率差异无显著性，但呈趋势性相关（p值 = 0.10; 卡方检验）（下图）。

分子复发（肿瘤特异性VAF检测）与病理完全反应（pCR）之间的关系。图片来源：Scientific reports

这项观察性研究表明，应用于ctDNA的4-6个患者特异性变体的定制微面板可用于预测和监测早期TNBC患者的疾病复发。这个定制面板中的每一个变体都是个体独有的，从而可以在临床复发之前精确地识别分子复发。ctDNA中患者特异性变异的检测也显示出与pCR失败的趋势相关性，提示TNBC患者的潜在预后效用。

定制ctDNA微面板的使用提供了相对于传统通用面板的可能改进，传统通用面板具有针对所有正在评估的肿瘤的设定数量的基因/位点。通用面板的使用可能不包括在监测期间提供足够灵敏度检测分子复发的有用变体，这些变体可能提供临床相关信息，如分子复发和与pCR的关联。

为每个个体的肿瘤识别的自定义变体不需要是已知的致癌基因或抑癌基因，但是，通过WES和ctDNA识别的许多变体具有临床意义。TP53包含所有肿瘤中数量最多的变异，这与TNBC的预后相关。此外，NF1和RB1中的假定驱动因子变异已在先前报道的乳腺癌临床试验中证明了临床相关性。有趣的是，在本研究中，在一些患者中观察到了在所有TNBC中很少突变的基因，包括RECQL4和TNC，这些基因与预后和治疗反应相关，具有潜在的临床意义。在疾病监测期间使用定制面板来评估TNBC，允许提供者评估并潜在地选择个体肿瘤特有的临床相关变体，从而进一步提供相对于通用方法的优势。

未来的研究是必要的，以进一步证明个性化肿瘤微面板用于预测和监测TNBC缓解。ctDNA检测间隔更频繁的额外时间点可用于进一步完善检测分子复发的方法的灵敏度。开发准确识别复发风险高的TNBC患者的方法是一个未满足的医疗需求。如果开发出临床准确的生物标志物，也可以开发出可能改变复发TNBC病史的干预措施。