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长短并进,Pacbio一举发布两款测序仪

2022-11-2 14:34| 编辑: 归去来兮| 查看: 2438| 评论: 0|来源: 我是建设者 | 作者:lizimo

摘要: Pacbio把ASHG遗传学大会搞成了自己的主场,而且还是Maroon 5魔力红。

PacbioASHG遗传学大会搞成了自己的主场,而且还是Maroon 5魔力红。没有等明年初的JPMAGBT大会,Pacbio在遗传学家普遍关注的场合一口气发布了两款测序仪,在大会一开始就抢占了不少风头(搞得我有点措手不及)。

Pacbio以昂贵但高精度的长读长测序而独特定位,此次推出的两款测序仪,长短兼修,一款名为Onso的短读长桌面测序仪,一款名为Revio的长读长立柜式测序仪。


任何即将登上历史舞台的主力机型都值得一个灯光璀璨的绚丽亮相。


Revio长读

Revio作为取代现主力机型Sequel IIe而推出,延续了Sequel IIe完全相同的尺寸,相同的高保真化学(高准确度)和相同的读取长读(仍然在15-20kb左右),但设计了新的SMRT芯片,并增强了机载计算能力。整体上,Revio实现了比当前的Sequel IIe系统强大15倍。

RevioSMRT cell的密度是Sequel IIe中的800万个SMRT cell的三倍,有2500万个零模波导ZMW但并不是大家所期待的6400万!),允许在芯片上同时查看更多单个分子。Revio也允许独立但同时使用其中四个芯片,这样总共可以同时运行1亿个零模波导(或1亿个DNA单个分子)。

新的SMRT芯片的引入将实现通量的提升,这无疑是众所期待的。目前,Sequel IIe每年可以进行5060个人类基因组;Revio将扩展到每年1300个基因组。同时,Revio的运行速度比Sequel IIe20%。虽然Pacbio几乎将Revio的价格翻了一番,达到77.9万美元,但Revio终于可以30xHiFi读数驱动了低于1000美元的长读长基因组。

Pacbio也转向了机载GPU的设置,系统上搭载六个英伟达GPU,这允许Revio实时处理所有数据,而不必进行任何离线处理。此外,公司宣布与谷歌健康合作,以利用他们集成到系统中的深度共识算法,Revio因此也成为有史以来第一个将Google Health直接集成到测序仪中的产品

Onso短读

Onso短读测序仪的推出,除了命名的意外之外,虽然备受期待,但并不是特别惊讶。Pacbio在今年中的AGBT会议上已经介绍过了背后的一些细节,当然,这一切都始于去年PacBio收购Omniome公司及其短读技术——SBB测序化学。

之前的文章已经介绍过了,可以参考:

Pacbio即将推出SBB短读测序平台,如何看待?
“选手各就位” — NGS参赛选手大亮相!
JPM22 | PacBio 2022年的重点是推进执行,推新攻坚


OnsoPacbio当前的长读测序增添了新的维度。售价为25.9万美元,作为台式机系统,将提供Q40>90%的读数,计划产生约500M次读取,最高可达2X150b(输出150Gb)。更准确的测序意味着更少的测序,但Pacbio并未公布每Gb的价格,用户是否需要为更高的准确率支付更高的溢价,还未得知。

Pacbio也在推出工具包,以使所有现有文库(主要是Illumina文库)可以适用OnsoBeta测试将于本周从Broad研究所、康奈尔·威尔医学院和Corteva农业生物科学开始。而Onso要到明年上半年才开始正式发货。

任何即将登上历史舞台的主力机型都值得一个灯光璀璨的绚丽亮相,就IlluminaNovaSeq X准备的现代感十足的主场秀,就像PacbioRevio+Onso搭建的魔力红动感舞台。

1000美元的长读基因组和200美元的短读基因组,哪个更有吸引力?Revio更便宜的长读会加速从短读的逐渐过渡吗?同样,Q40的高质量短读会不会大力削弱Q30的传统测序产品?这一切可能都需要在明年仪器到了客户手里才能逐渐体现。

但有一点可以确定的是,在逐渐完善的商业基础设施、供应链以及服务和支持的基础上,Pacbio终于打造了自己可以决然奔赴战场的利器,长短并进,也一定会在未来几年里迎来显著的发展机会。



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