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国产测序仪风云录丨安序源AXBIO

2022-9-29 22:03| 编辑: 小桔灯网| 查看: 5038| 评论: 0|来源: 循因缉药丨作者:星海领航员

摘要: 今天我们来谈谈安序源,一家纳米孔测序仪生产商。


今天我们来谈谈安序源,一家纳米孔测序仪生产商。这也是我们国产测序仪风云录里的第二家纳米孔测序仪厂家,希望大家能喜欢。



一场跨界的大冒险


    2000年,人类跨入了新的世纪。田晖博士完成了在斯坦福的学业加入了Pixim,研究开发CMOS图像传感器。田博士在这家公司干了7年,从科学家一路干到了总监。随后在2007年他加入InVisage(一家芯片设计公司,后被Apple收购),成为该公司的VP。5年后,他短暂在Aptina待了一年后,他有点腻了。


    此时,一家叫Genia(该公司的有关信息可以参考这里:国产测序仪风云录之齐碳科技)的公司进入他的视线。经过仔细了解后,他决定来一场跨界的冒险。


    2013年加入Genia后,田博士负责带领团队设计DNA测序用的生物芯片,这让他无比的着迷。他动情的写道:I'm still amazed at what we're creating here。


    然而就跟大多数的冒险一样,之所以叫冒险就是因为其发展总是出乎意料。加入Genia不久,Roche就在2014年收购了Genia,顺势田晖博士成为了Roche测序部门的副总裁。


    在Roche庞大的资源面前,田博士获得很多生物学相关的知识,当然这不会是全部。随着Roche测序仪的难产和其他各方面原因,田博士又开启了二次冒险。


第二次冒险


田博士决定离开Roche,做些年轻人该做的事情—创业。他遇到了曾经在InVisage的老同事--Igor Ivanov博士-俄罗斯人、普京校友、免试入学直升硕士的天才少年,也是一个成功的连续创业者。他们互相欣赏,都决定要干点有挑战的事情。刚好,测序仪这个新兴事物成为了一个选项。随后他们在St.Clara成立了AXBIO,田晖博士任CEO, Igor Ivanov博士任COO。


随后不久2017年6月1日,安序源在深圳注册成立,随后经历多轮融资:

终于经历了3年研发,AXP100横空出世。那么就让我们一起见识一下这款“第四代“测序仪


AXP100


按照田晖博士的说法,第四代测序仪要具备以下几个特点:

  1. 实时单分子测序

  2. 高精度长读长测序

  3. 高通量测序

    那么这是怎么实现的呢?(顺便吐槽下下面这张图。。。。呃。。。)


Bio-CMOS加持的基于阻抗的测序(实时单分子测序)


    田博士最初就是做CMOS芯片设计的,而通过在CMOS(互补金属氧化物半导体)蚀刻纳米孔结构,通过检测模板互补链合成时电流的变化(也就是阻抗),就可以实现实时单分子测序。

    其专利CN112534063A对此描述如下:

    CN114502714A专利示意图如下:

    当然,掺入的碱基也进行了修饰,方便检测,这里就不展开了。


CCS(circular consensus sequencing)加持的高精度测序


    通过使用与Pacbio类似的CCS(环形连续测序)测序方法,ssDNA通过自连接生成环状DNA,通过滚环复制(RCA)生成DNA纳米卷(DNR,DNA Nano Roll),是不是有点眼熟?华大智造表示我叫DNB你叫DNR,可以啊。。。

   

   然后就测序咯。。具体可以参考专利:CN112534063A

(图片来自Pacbio官网,安序源专利图太丑了。。。)


百万级纳米孔加持的高通量测序


    与ONT最多2675个纳米孔的flowcell相比,安序源通过与TowerJazz合作,生产出了高达100万纳米孔的生物芯片,当然更比384纳米孔的齐碳多的多的多。


    安序源甚至很实在的放上了设计图。

    该款芯片在2019年3月5日宣布研发成功,使用TowerJazz 65纳米RFCMOS平台制造,其通量已经可以超越单张100Gb的数据。


待解之谜


目前仍有如下信息等待安序源揭开谜底:

  1. 测序速度。ONT宣称的最快测序速度是420bp/s,而安序源和齐碳数据并未知晓。

  2. 读长。安序源宣称读长是1Kb-100Kb,远小于ONT的4Mb和齐碳的2Mb,这是否就是初期结果?

  3. 售价。安序源宣称其成本与Novaseq类似,还需要等待产品上市后才能真正见分晓。


当然个人觉得这玩意最好的用处是POCT,安序源也意识到了这一点,Elecone-100核酸联检仪就是一个很好的尝试。



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