产前诊断遗传检测方法汇总及方案建议2021年11月版（个人意见）

产前诊断的检测方法很多，但按功能来分也就是几个大类，今天从实用主义出发来讲讲有什么不同，供打算建设实验室或添加新项目的同行们砸砖。

先做个小结：

产前诊断就跟打仗一样，也分正奇虚实。

QF PCR就像先锋官，重在探敌虚实，碰到小股部队顺便也就吃了，碰到大部队转头就跑，搞到信息最重要。

CNV检测就像中军大阵、主力部队，不动如山、侵略如火，谋定而后动。

细胞培养就像后勤部队，兵马未动、粮草先行，安营扎寨、整备兵器，没他们不行。

母源污染就像敌人有了援军，不把援军给耗走了、打趴了，别想赢。

WES就像水攻、火攻，属于大杀器但限制多，一不小心还容易把自己给烧了；一旦成功了就是诸葛再世、关公显圣；没搞好就是赵括二号。

做产前诊断，最合适的方案自然是QF先锋先上去探个虚实，确定敌方没有母系援军，直接CNV大军压上；对方有援军就核型跟上、安营扎寨慢慢磨；方法用尽依然没打赢，敌方还跑下风口去了，那就赶紧搞个火攻、拼他一下。

瞎扯结束，以下是正文。

产前诊断方案制定可以考虑以下步骤：

目的：这个是分子实验的基础，没有污染才好做实验，所以优先级最高。

常用方法：QF PCR（STR PCR）；其他方法：SNP芯片；

说明：QF PCR属于传统意义上的亲子鉴定实验，价格相对便宜，速度也快。但是需要专门的Sanger测序仪，设备昂贵且其他用途不多；单独买一套设备就为了做产前诊断对于小中心不太划算（16通道的45分钟就能跑16个样本，样本少了设备吃灰）。早些年一代测序红火的时候有很多测序公司，现在转行倒闭的不少，淘汰下来的二手测序仪也不少；淘一台二手的Sanger测序仪也能用，有些供应商就这么干的；不过维保是个问题，初入行者需谨慎。另外一个现成方案是找测序公司或第三方上机毛细管电泳，但一定要做好质控，样本搞错这种事并不罕见。

试剂方面可供挑选的余地不大，就那么几家，都找来试试看挑一家自己喜欢的吧。

QF的灵敏度不足以排除小比例的污染（10-20%以下），遗传病产前诊断时如果是采用定性检测方案的，依然存在错误的可能性！

比如：定性PCR检测地贫时，即使QF PCR提示没有污染，也不能完全排除母源污染，需要培养后（羊水）或再次采样后重新复查、或采用其他方法复核后结果一致才行。特别是当结果和母亲的基因型一致时更需小心谨慎。

不打算做QF PCR或者一时间难以找到测序仪的机构，也可以考虑直接用SNP芯片做样本污染鉴定，原因和方法在之前的文章中都有说过。SNP芯片位点够数、做得好的话，20%以上的各种污染都能够准确判断，而且还能分型是母源污染还是双胎混样、或者外源污染，各方面表现优于QF PCR。不好之处在于如果结果提示存在污染可能性时，需要补测母亲的样本，价格贵，得几千块；假如个个都可能污染、个个都增加母亲样本检测的话，得亏到吐血去。所以，对于穿刺技术比较完善、母源污染极少发生的单位，舍弃QF PCR，直接上SNP芯片，偶尔发现SNP芯片结果提示有污染时做个亲代的SNP芯片加以鉴定是没问题的；不足之处在于整体周期较长，一旦发生污染复核时就得加班了，否则可能影响出报告时间。

全外显子测序WES的SNV分型功能也有亲子鉴定的作用，但区分度较差，而且很多CWES、EWES也都号称WES，位点少还分布不均，看不了SNV分型，容易掉坑。总之使用WES判断污染并不可靠，而且价格更贵，不建议。

除了以上技术以外，CNV SEQ等技术都无法判断样本污染，都不能直接使用，必须要在鉴定已经确定不存在污染之后再使用才保险。

目的：将母源细胞从胎儿样本中去除，获得纯粹的胎儿细胞

方法：细胞培养

说明：绒毛培养无法排除母源污染和CPM，羊水细胞培养几乎是现阶段唯一的排除母源污染的方法。羊水不做培养，万一其他结果做出来怀疑有污染时，就得重新做穿刺、重新采样才能检测；所以，即使羊水培养存在<5%的失败可能性，即使绒毛培养并不能解决限制性胎盘嵌合的问题，即使分生技术是多么快、多么好，培养依然是需要的。

警告！！！：羊水培养后并不能百分百完全排除母源污染，只是概率低；定性检测时一定要注意。

目的：穿刺后尽可能全面检查，避免出生缺陷；是全面，但不是全部。

注意要点：

1、  全面检查是有限的全面，不能解决所有问题；

2、  全面检查要主动舍弃医学上不怎么明确的部分，只能挑选非常明确的部分进行相对片面的全面检查；不必要的扩大检查只会带来不必要的伤害，建议避免。

方法：SNP芯片、CNV Seq、Panal ES、（MS PCR/MS MLPA）

说明：

1、无论何种原因进行穿刺，基因芯片/CNV Seq检测都是最佳检测方案，检测范围和费用的费效比最佳。单独只查核型或FISH、QF等方案虽然便宜，也可能更快，但范围太窄，容易漏诊。单基因病产前诊断时，在排除疾病之后，也推荐CNV的检测，穿都穿了，没必要漏一些不查。

采用SNP芯片可以检测CNV疾病及提示部分同源UPD疾病，属于首选；CNV Seq相比SNP芯片检出率较低且无法检查UPD，但漏诊率不算高基本够用，同时CNV Seq还可以对接WES和病原体分析，这些是SNP芯片所没有的，所以两者可算是各有千秋，做好知情同意择其一即可。注意孤证不立，阳性结果都需要复核。

2、超声无明显异常时SNP级别的检查应限定在Panal内：明确遗传病的明确基因中的机制明确的突变，比如地贫、雷特、DMD等疾病相应基因的明确突变，采用Panal的方式进行检测，可以考虑作为产前诊断基因检测的拓展。

注意不要扩展到其他未知SNP，很多能够被定性为致病P或可能致病性LP的位点实际并不会导至临床疾病的发生；单纯从技术角度出发，缺乏足够临床证据支持的分析和判断极易导至过度解读。

举例：即使发现了MECP2基因上存在分析可能为LP的“可能致病性”突变，如果没有充分的临床病例报道说明该位点一定会导至疾病，那也不该报告。这方面可以参考五百种地贫突变带给临床的经验教训。

3、在给病患做咨询之前，务必自己完全搞明白检测的结果和意义。绝对不要搞自己只管做实验、发报告、转交报告，把决定权交给患者的做法。医务人员都说不清的结果交给不具备充分知识的利益相关人去做判断，只会导至不必要的心理负担和不必要的终止妊娠。

4、WES意外发现的补充说明：不论是产前还是产后的基因检测，在未确认能够给予充分后续医疗支援之前，强烈反对将ACMG59检测列表的结果作为意外发现告知受检人。ACMG59对大多数中国医院来说都属于水土不服；将心脏病、肿瘤易感等结果告知受检人又没法跟进预防、治疗时，除了增加焦虑情绪毫无益处。我个人意见是明确反对的。

目的：特定染色体数目异常的快速检测。

方法：QF PCR、FISH、MLPA

说明：21、18、13、X、Y染色体数目异常较为常见，所以提前检测有助于早诊断、早处理；但由于检测并不完整，所以只是锦上添花，价值一般。既往不做芯片、Seq的时候因为可以拿来跟核型做复核，形成双重肯定的效果，所以有一定的应用范围。现在普遍采取CNV检测+核型双重复核的时候就没必要再上快速检测了，快了这么几天也不会怎么样。不过QF PCR因为本身自带亲子鉴定（污染鉴定）属性，所以顺便看看染色体也还是行。至于其他方案，就不必了。

比如嵌合体、单基因病检测，等等。非常复杂，每种情况都不一样，特殊情况特殊对待。