笔记丨从BRCA到HRD的检测

来源：基因talks

在新诊断的卵巢癌中，BRCA和HRD检测被推荐用于指导卵巢癌一线维持治疗方案的选择。卵巢癌一线维持治疗是指对完成初始化疗达到临床CR或PR的患者给予后续治疗，旨在推迟复发，改善生存预后。PARP抑制剂因其临床疗效显著，已成为卵巢癌患者一线维持治疗的最佳选择，BRCA基因突变或HRD状态是目前常用的PARP抑制剂应用生物标志物。

今天与大家分享2021年1月27日，南方肿瘤临床研究协会妇科肿瘤分子诊疗专业委员会学术研讨会上 欧阳能太 教授带来的“从BRCA到HRD的检测”报告。（以下内容仅供学习参考，强烈推荐）

说到BRCA，必提女星安吉丽娜·朱莉（贴上标签），因为检测到BRCA1基因突变，预防性切除了乳腺和卵巢，推动了（BRCA）基因检测的广泛开展，普及了患癌风险评估的知识。

其次，BRCA基因检测可指导PARPi靶向精准治疗（FDA已批准BRCA作为奥拉帕利一线维持治疗的生物标志物），PARPi治疗需要检测gBRCAm或sBRCAm。

PARPi的作用机制很好理解，BRCA1/2所在同源重组修复（HRR，简言之就是人二倍体，其中一条DNA双链损伤，利用另一条同源染色体DNA进行重组修复的过程）通路负责DNA双链损伤修复，PARP负责DNA单链损伤修复，若HRR发生功能缺失突变，在此基础上使用PARPi抑制PARP功能，通过合成致死效应（DNA断裂得不到修复，DNA损伤积累），进而引起肿瘤细胞的死亡。

DNA损伤修复机制包括单链损伤修复（BER，NER和MMR等）和双链损伤修复（HRR，NHEJ和MMEJ等，其中NHEJ指的是非同源末端连接修复，MMEJ指的是微同源末端连接修复，即使NHEJ和MMEJ修复好了也达不到HRR的那样（愈合），会留下疤痕，为HRD检测埋下了伏笔）

这一部分是这次报告的精华部分，介绍了DNA双链损伤，HRR信号通路的详细修复机制，看完后醍醐灌顶。

① DNA双链损伤后，MRN识别断点启动修复，招募核酸内切酶分别在断裂点上下游剪切形成突出的一段单链DNA，ATM、PPP2R2A、CHK2等参与；

② 复制蛋白A（RPA）结合到突出的单链DNA，形成停滞的复制叉；

③ BRCA1-BARD1二聚体，CtIP、CDK12、FANCL、H2AX等参与，识别并结合RPA所在的单链DNA；

④ RAD51-BRCA2-PALB2复合体形成，BRIP1、CHK1、RAD54L、ATR等参与，BRCA1-BARD1二聚体招募BRCA2复合体到单链DNA；

⑤ BRCA2带来的RAD51取代RPA；

⑥ RAD51招募RAD51类同源复合体BCDX2和CX3，启动同源重组修复。

如果此时HRR重要基因发生突变，注意，是重要基因发生突变，那么就会导至HRD的产生了。比如，根据AZ奥拉帕利在mCRPC中的伴随诊断（F1CDx）来看呢，包含了15个HRR基因，其中PPP2R2A基因突变对PARP抑制剂不敏感，所以有效的HRR基因仅有14个，这个PPP2R2A基因就可能不是HRR重要基因。

卵巢癌中PARPi的靶向治疗需要检测BRCA和HRD，HRD已经获FDA批准作为奥拉帕利+贝伐一线维持治疗的生物标志物。

从BRCA到HRD的检测，是从因到果的检测策略转变，HRD的表象就是基因组疤痕（LOH、TAI及LST，非造成HRD的机制，比如HRD可以导至染色体末端连接异常，导至TAI的情况；HRD导至LST的畸变；HRD导至单亲二体或LOH），LOH是通过SNP探针覆盖全基因组来检测的，3万？5万？看自己选且有讲究。

HRD检测规范：FoundationFocus CDx BRCA LOH Assay：FDA批准作为补充诊断（卡值16）；Myriad Genetics myChoice HRD：FDA批准作为伴随诊断（卡值42）；

BRCA检测，已经非常成熟，但是需要注意的还是大片段重排（缺失），比如某上市的BRCA-NGS检测产品，开始是不能检测大片段缺失的，后来升级后可以检测了（CNV），通过MLPA验证后确实是大片段缺失，这也证明了BRCA大片段缺失检测的重要性（NGS检测BRCA必须能检测大片段缺失才不容易漏检！）。

中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心，在2019年年末就开始进行HRD的研究性检测，不得不说这个讯息捕获确实是厉害（2019年10月FDA批准HRD作为尼拉帕利三线及以上维持治疗的生物标志物），比市面上的基因检测公司布局HRD产品研发早半年到一年时间（现在还有公司尚未布局HRD检测产品研发；2020年5月FDA批准HRD作为奥拉帕利+贝伐一线维持治疗的生物标志物）。

其次，这个报告中的“科研”两个字很有灵性，科学、严谨又规范（“遵纪守法”的楷模），该HRD科研报告中，HRD-GS的cut-off值是53，说明是经过临床的严格验证得出的阈值，而不是直接套用Myriad myChoice的42（或33）阈值，值得市场基因检测公司的学习（有多少在套用42阈值呢，站出来解（狡）释（辩）一下）。

最后小结下，PARPi治疗需要检测BRCA、HRR、HRD等，HRD检测主要包含BRCA+基因组疤痕（GS，包括LOH、TAI及LST）。目前国内HRD检测刚刚起步，需临床和实验室紧密合作。

参考资料：

1.欧阳能太,从BRCA到HRD的检测,PPT,南方肿瘤临床研究协会妇科肿瘤分子诊疗专业委员会学术研讨会,20210127.