第三代单分子测序仪供应商PacBio进行软件升级

莺歌燕舞

第三代单分子测序仪PacBio RS II的供应商，加州PacBio公司今天宣布对其单分子，实时(SMRT )DNA测序平台进行软件升级。 SMRT Analysis 2.2提供了更强的功能用以支持额外的两个应用该公司的long-read测序技术的应用：ISO - SEQ 全长转录本/亚型测序，以及人类白细胞抗原(HLA )单倍型phasing。

在mRNA转录本isoform的研究方面一直受困于其他测序技术读长过短的问题。PacBio的long-read技术使转录本全长测序，以及基因的可变剪接形式的识别成为可能。其结果就是，在研究中可以更进一步的对新的基因及其isoform进行更全面的研究。

例如，斯坦福大学霍华德·休斯医学研究所的Steve Quakeand Thomas Südhof 教授与他的同事，使用SMRT测序技术来表征参与人类大脑内细胞之间连接的形成的基因编码的neurexins。由于存在大量不同的剪接异构体，研究这些基因的难度非常大。尽管已经进行了诸多努力，对neurexin选择性剪接的了解仍然不充分。如今利用PacBio long-read测序技术，研究人员发现了neurexin基因家族中数百种不同的亚型，这些基因产物展现出了惊人的复杂性，并提供了neurexins在促进大脑细胞连接过程中作为识别分子的重要作用的证据。

Iso-Seq技术也可以用于全转录组水平的研究，用以改进参考基因组中的基因注释信息。足够长的测序读长，对于后期的分析中将不再需要RNA-Seq的reads拼接步骤，而是直接提供全长转录本的序列信息，因此可以更完整的对基因模型和转录的基因进行更全面的注释。

斯坦福大学的Michael Snyder实验室在去年十月发表的文章中向大家展示了PacBio long-read技术在研究人类基因组转录本研究上的优势。Snyder博士评论说："对全长转录组的完整测序可以对包括复杂的转录分析和新基因探索进行更有效的支持。 PacBio测序仪在这点上做的非常好。"

第二个新的应用就是HLA单倍型phasing。 HLA基因座的一组对免疫系统功能至关重要的基因。在人类中，HLA基因具有非常高的多态性。已知的等位基因就有几千个，同时新等位基因的数量也在不断增加。HLA等位基因特异性基因分型是自身免疫性疾病的关联研究，药物过敏研究和其他应用的关键。之前的研究中准确的确定HLA phasing需要通过进行几个花费巨大的实验来完成。而PacBio long-read测序技术提供非常适合与明确的等位基因phasing准确的等位基因水平的基因分型。

PacBio的SMRT Analysis 2.2产生的序列，可以被输入到的第三方HLA分析软件中。该数据已成功用于Conexio Genomics Assign(澳大利亚珀斯)的MPS序列分析软件的后续分析中。

"PacBio的分析流程独立产生杂合样品中每个等位基因的的保守序列(包括非编码区)，" Conexio Genomics行政总裁David Sayer说。"当我们的软件对这些结果进行分析后，就会获得整个保守的HLA基因型。整个分析简单，快速。"

"在SMRT Analysis 2.2的升级中使两个重要的应用流程化，这些都是由我们的强大long-read测序技术提供了重要的支持，" PacBio总裁兼首席执行官Michael Hunkapiller说。 "我们很高兴PacBio RS II系统的性能得到提升，并期待看到研究团体可以将这些技术应用到新的发现中去。"