如何入门生物信息学？

John

生物信息学（bioinformatics）是一门把计算机科学和生命科学结合起来，对生命体系的数据进行收集、存储、管理、分析、可视化以及解释的学科。
一、入门生信信息需要以下几个步骤
1、固定目标
首先，您需要确定想要使用生物信息学解决什么问题，例如基因组，转录组或蛋白质组分析。因为不同类型的实验和数据源需要不同的分析方法和工具。
2、学习Linux和编程语言
生物信息学中涉及到大量的需要在Linux系统运行的软件和编程技术，所以您需要学习一些相关的Linux和编程语言,如r语言、python等。
3、熟悉数据库
了解并熟练使用生物信息学领域常用的数据库如ncbi, ensembl,ucsc，这些数据库包含了丰富的生物信息资源。
4、掌握生信工具
在生信领域有许多不同的工具，如blast, bowtie, hisat, cufflinks等，需要学会它们的原理和使用方法。
5、定期阅读生信领域最新研究
生物信息学领域不断发展，新理论和新技术层出不穷。反复阅读经典和热门的科研论文和书籍有助于了解生信领域的最新发展趋势。
总体而言，入门生物信息学需要系统地学习生命科学、计算机科学、数学和统计学等多个领域的知识，不断学习和实践才能掌握这一技能。
二、Linux
Linux是类unix操作系统内核的开源操作系统，因为其稳定性、安全性、可扩展性等优势广泛运用于服务器端，也是数据科学和生物信息学领域常用的操作系统。以下是您可以学习linux的一些方法：
1、学习基本知识
学习linux操作系统的基本知识，比如常用命令、文件和文件系统、用户和权限管理等。
2、练习
练习使用linux，这可以通过安装linux虚拟机，使用云计算平台或在自己的计算机上安装双系统来实现。同时在练习过程中不断尝试解决问题，加深对linux的理解和掌握
3、阅读图书和在线课程
可以通过阅读linux相关的书籍或者参加在线课程进行学习。其中一些比较流行的在线课程包括站在巨人的肩膀上入门linux，linux基础入门教程等。
4.坚持实践
学习linux需要坚持实践。尝试使用linux来完成一些任务，记录自己的过程和经验，从错误中吸取教训。
总之，学习linux需要理论知识和实践相结合，不断练习和积累经验。
三、R编程
学习r编程可以参考以下步骤：
1、了解r编程语言：先学习基础概念和术语，例如：向量、函数、数据框等。同时掌握r语言的基本命令、数据类型和内置函数。
2、学习r编程环境：安装r编程环境（r studio）并学习其使用，熟悉界面元素和功能按钮等。
3、实践编程案例：选择初级难度的编程任务开始实践，例如读取csv文件、绘制简单图表等。随着进步逐渐尝试更复杂的任务。
4、阅读文档资料：搜索与r相关的书籍、博客、网站和视频教程等资料，并注意代码示例和程序细节。
5、参加在线课程或公开课：参加诸如coursera, edx和udacity等免费在线课程，也可查找附近的讲堂以学习r编程
6、加入r社群：寻找r的用户社区，并与其他学习者交流。分享自己的代码和提问问题是很重要的，
7、持续刷题：刷题有助于熟悉语言的基本知识点和编程应用场景。
以上是学习r编程的一些主要步骤，建议在学习过程中注重实践和互动交流，通过经验积累来提升自己的技能。
四、perl编程
学习perl的步骤如下：
1、了解编程基础知识：学习perl之前，你需要对编程的基本概念有一定的了解。如果是初学者，可以先学习一些通用的编程语言，例如python、java、c++等等。
2、下载和安装perl环境：在学习和开发perl应用程序之前，你需要先下载和安装perl环境。许多unix和linux系统默认已经安装了perl，但如果你是使用windows系统，你需要从官方网站下载并安装perl的二进制文件。
3、学习perl语言基础：perl具有简单易学和灵活的特点，因此它非常适合初学者学习。使用perl编写一些小程序，例如hello world示例，熟悉perl的语法和结构。
4、阅读perl文档：perl拥有完整的文档和手册，包含了所有的语法规则、标准库和函数库等信息。通过阅读perl官方文档，可以更好地理解perl语言，并学会如何使用perl进行开发工作。
5、熟练了解常用的案例：比如读取fasta数据，统计序列长度，筛选等功能。
总之，学习perl需要不断练习和积累经验，通过编写实际的程序来提高自己的编程能力。

原文地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/684958520