肿瘤的基因检测方面，国内哪家公司或者机构比较靠谱？

大v

家母罹患壶腹癌，在标准疗法都已经用完的情况下，想做一个基因检测，检查一下基因突变的情况，看一下是否有靶向药以及预测一下免疫治疗的疗效，但是国内这个行业实在是搞不懂，没有相应的标准，各说各好，所以想请教一下，有没有大佬知道哪家做这个很靠谱，特别是在ctDNA这一个领域

原文地址：https://www.zhihu.com/question/300512713

长长的路

几百块的基因检测，钱都不够跑pcr的，能指望检测个啥，不过通过这种方法搜集起来的样本，能拿来做什么就不好说了，参考最近乌克兰的生物实验室

大力水手

一、肿瘤患者为什么要做基因检测？
       肿瘤的根源可以归结于肿瘤细胞的持续生长，相比正常细胞，其最重要的不同就是产生了驱使肿瘤发生的突变基因（驱动基因），因此肿瘤本质上是一种基因病。
      通过相关基因检测，分析单个个体基因多态性对于多种化疗药物的敏感性，预测药物对患者的疗效、耐药性和毒副作用。根据基因检测的结果再选择哪一种化疗药物或分子靶向治疗药物，从而实现癌症的个体化治疗。

   1、基因检测指导靶向用药
       靶向治疗之所以称为靶向，就是因为这类分子靶向药物在研发设计时就是有针对性地只杀灭肿瘤细胞，避免误伤人体正常的组织细胞，根据特定的分子靶点进行高度选择性治疗或者说是精确治疗。所以，在选择靶向药物治疗前首先进行针对相应的基因状态的检测尤为重要。
       以肺癌为例，基因检测可以帮助患者精准选择可用的靶向药，甚至帮患者找到还未在国内获批，但的确有很好疗效的一些药物。



(图片来源于网络)

2、基因检测指导免疫用药
        免疫治疗有适应症，不同癌种有效率亦不同，不能神化免疫治疗。一般来讲PD-1类药物的有效率在20%左右。
       对于PD-L1高表达的患者可能会达到45%，存在dMMR突变的患者约可达到40%。所以治疗前，进行基因检测还是有必要的，毕竟治疗费用昂贵。
       对肿瘤患者来说，基因检测可以让患者在最短的时间获得正确的药物治疗，从而达到最佳的治疗效果、最小的毒副作用、最高的生活质量。
二、如何进行基因检测机构的选择？
       肿瘤基因检测的临床应用越来越多，其对晚期肿瘤患者的靶向和免疫治疗的药物选择有重要意义，但治疗的有效性取决于检测结果的准确性。
       2021年8月9日，国家卫生健康委临床检验中心(NCCL)公布了"2021年全国实体肿瘤体细胞突变高通量测序大Panel检测室间质量评价预研"活动结果。
       实体肿瘤体细胞突变高通量测序（大 Panel）检测室间质量评价通过对参评实验室检测结果的可比性的分析，发现检测过程中存在的共性问题以及某些实验室存在的特殊问题，促进实验室提高检测水平。
       参加实验室的范围（分布）


       来自国内 12 个省（市、治区）的共63个实验室参加了本次质评。在63份有效结果中，按照评分规则，无重复性错误的实验室占比25.4%（16/63），无假阴性结果实验室占比12.7%（8/63），无假阳性结果实验室占比61.9%（39/63），成绩合格的实验室为31家，通过率仅49.2%。
      成绩优秀的实验室（按总错误计分由小到大排序）


      成绩合格的实验室（按单位名称拼音排序）


       基因检测是精准治疗中的重要环节，错的基因检测结果不仅会给患者带来经济损失，而且会贻误治疗肿瘤的最佳时机，正确的选择基因检测机构，避免走歪路。

卡卡

少见的癌种，做检测前可以查阅文献研究中相关的基因图谱。很多罕见癌种通过基因图谱大致能够预判是否存在用药机会的可能。然后结合自己的经济能力考虑是否做检测。当然对于罕见的癌种可能并无相关基因图谱的报道。
大部分的医生是不会盲目尝试跨适应症用药的，特别是针对罕见的癌种，文献和临床试验的研究资料非常局限，也就是说证据等级往往不高，用药风险比较大。
至于基因检测公司选择市面上主流的检测公司即可。ctDNA有优势的公司，基本市面上每家检测公司都在吹自己ctDNA检测的优势，实际上很难区分，同质化厉害。建议选择主流的检测公司即可，没必要太过纠结检测公司谁的ctDNA更厉害，基本不存在的。没办法做头对头的比较，而且是多个研究的头对头的比较，说谁厉害都是自己在意淫。当然有些检测公司技术上是有创新的，但仍然是缺少对比研究，比较难考究。

大力水手

做基因检测，是检测肿瘤细胞的突变，因此需要获取肿瘤细胞。

临床上通常有三种方式：

1.     肺癌手术中（或胸水中）得到肿瘤样品。

2.     穿刺活检样品，通常是在局部麻醉下，使用很细的针刺入疑似肿瘤，来获取少量细胞用于分析。这样创伤很小，可以避免不必要的手术，对患者影响小。

3.     “液体活检”。肺癌的液体活检，主要是指通过分析血液里的癌细胞或者癌细胞释放的DNA进行分析，判断癌症突变类型。这之所以能成功，是因为晚期癌细胞，或者癌细胞的DNA，会经常跑到血液里面，现代技术有可能把它们捕获，进行分析。

“液体活检”是目前最热门的技术之一，最大的优点是无创，风险小，而且可以反复多次取样，但目前的准确性还是不如直接采集肿瘤样品。

首先要认准资质。2015年国家卫计委对市场进行了规范，现在国家对基因检测的监管很严，相关资质的申请都有严格的流程的。
基因测序所生成的原始数据并不能反映任何有价值的信息，必须通过专业人员进行分析和解读。现今的生物信息分析涉及的基因数据库、云计算算法、数据分析工具以及生物信息专业人才是整个基因测序行业亟待功课的四大难题，主要原因一是来自于数据量的庞大，二是源于数据的复杂性，三是数据的专业化程度高。目前这一市场份额基数较小，全球只有少数测序服务企业有能力提供基因数据分析咨询服务。

清风寡欲

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在写这篇文章之前，我写过一个基因检测的文章，大概介绍了下检测的注意要点，但还是有许多人问到市面上这么多的基因检测公司和基因检测产品到底谁家做的更好，除了价格以外相互之间的优势是什么，有什么区别，对检测公司的技术实力，和产品优缺点的介绍很少，本着惩前毖后、治病救人的心态，借你一双慧眼，揭一揭这些老底，免得大家花着钱还吃亏上当。

没看过我文章的，先集中回答几个关于检测的问题：


1、肿瘤患者是否都需要检测

广义上讲，所有肿瘤患者均可以接受基因检测。除了检测肿瘤的的常规突变，针对性靶向用药外。如果，一个肿瘤患者，其他药物治疗都失败了，指南规定的那几个药没有效果，如果想要超越指南，提前尝试国外更先进的或是正在临床的药物。但不管是已经上市还是处于临床试验研究阶段的，不管是国内还是国外，那么，他或许可以选择做一下跨癌种的、检测尽可能多的、几十上百甚至全部的基因。

另外就是使用PD-1时通过检测TMB预知免疫治疗能否生效节省药费，和提前对超进展进行预判。盲试的概率太低，而且浪费时间成本。即便有些肿瘤靶向药物单一，但是同样的肿瘤也不限于就单纯的几个突变造成的也可能是其他不常见不变。如果想增加自己的生存概率，最好扩大检测范围。

2、如何选择检测套餐

肿瘤基因测试范围从简单到复杂。有专门的癌种的套餐，也有大panel的热点基因套餐，更贵一些的还有全外显子和全基因组检测。总结如下：1、单癌种小panel检测：比如，对于肺癌患者，已知的驱动基因包括EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET，如果经济条件有限当然按照指南的建议只检测这些常见突变的基因没有问题。

但如果这些基因没有突变，则要考虑是否是由于其他少见的突变类型导致的，去做一些大panel的检测类似几百个基因的，自己根据价格和经济条件决定。

2、大panel检测：检测数百个基因，不分癌种对多数靶点突变基因进行检测，范围大、覆盖全，能够尽量检测出用药靶点基因，不仅限于指南规定的常见突变，能有跨指南用药的机会

3.其他两类检测类型

全基因组测序（昂贵、费时、一般是科研用途）、全外显子测序（综合性价比不错、适合肉瘤）

3、检测完之后是否一定有靶向药

不一定。首先，绝大部分的癌症并不是单纯的由突变导致的，所以很多癌症患者可能不存在突变的靶点；第二，即便检测到突变的靶点，这个靶点现阶段可能没有临床意义，也就是说没有获批的药物可以使用。胆子大的可以解读报告超越指南针对突变类型跨癌种用药。

4、选择什么样的标本

顺序是：最近手术或活检新取的组织标本>1年内的组织标本>胸腹水>最新的血标本>1-2年以上的旧的组织标本。注：，现在有很多检测公司都不建议使用超过1年以上的组织。


了解之后，言归正传回到市场上检测公司和产品的比较上面


基因检测分类

基因检测分两类，一类是消费级检测，类似儿童天赋检测，或是一口唾沫评估各种天赋技能之类，大都是骗子满街跑，绝大部分是挂着基因检测噱头的现代算命郎中，真正做研究做市场的凤毛麟角。另一类是医学临床检测，这是我们今天要说的重点。

囿于个人精力只聊聊市场主流公司，一些小公司就没法枚举了，只能说到了提一下子，但是奉劝大家还是尽量远离小公司。


先说资质：

首先要认准资质。2015年国家卫计委对市场进行了规范，现在国家对基因检测的监管很严，相关资质的申请都有严格的流程，现在从国家食品药品监督管理局获得有高通量测序仪资质的是华大基因，达安基因，博奥，贝瑞和康这几家。卫计委首次公布的高通量测序试点单位如下：


卫计委随后也公布了第二批、第三批（109家医疗机构开获批NIPT高通量测序临床试点），第四批、以及近期又公布了肿瘤检测试点单位。当然这个数据时间也比较久，一些行业内比较不错的企业没在前几批名单不代表实力不行，给大家个名单


其次，介绍几个比较检测公司之间技术实力的指标：


说到比较，就得谈到数据，就像大家买车的时候，都会比较零百加速、制动距离、碰撞测试成绩一样，真正能够体现一个检测公司技术实力的无非两样，一是基础检测能力，二是检测结果的分析和判读。先说判断检测能力的几个指标：


覆盖度：一般是指目标区域中被测序覆盖的区域的比例，


捕获效率：捕获效率是指测得比对到目标区域的序列（有效序列）占全部比对到参考基因组的序列的比例，一般目标区域的捕获效率在60-70%


测序深度：测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小（Genome）的比值，它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。


Sangge测序:第一代测序技术,准确性远高于二、三代测序，因此被称为测序行业的“金标准”,但是通量低成本高。


NGS：高通量测序，二代测序又名下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS)为大规模平行测序，大大降低了测序成本的同时，还大幅度提高了效率，同时保持了高准确性。


第三代测序技术：纳米孔单分子技术为代表的新一代测序技术被称为第三代测序技术，与前两代测序技术相比，其最大的特点就是单分子测序，已经开始产业化了。


全基因组测序（WGS）：对整个基因组的所有碱基进行测序，这样就可以获得整个基因组的序列情况，主要应用基本都是科研，个人没有必要用，太贵。


全外显子测序：（WES）是应用频率最高的基因组测序方法。外显子是人基因组的蛋白编码区域，利用序列捕获技术可以将其包含22000个基因。主要用于疾病的临床辅助判别和查找致病基因。


大Panel测序：就是热点区域测序，也有叫靶向测序，主要是对一些选定的基因进行测序（当然越多越好688肯定好过599的）。通常是对已知致病基因或感兴趣的基因进行测序，在临床中，主要应用于辅助疾病的诊断和治疗


通过这些指标比较可以衡量检测产品的技术实力，进行参数比较避免被坑。


检测结果的分析和判读


基因测序所生成的原始数据并不能反映任何有价值的信息，必须通过专业人员进行分析和解读。现今的生物信息分析涉及的基因数据库、云计算算法、数据分析工具以及生物信息专业人才是整个基因测序行业亟待功课的四大难题，主要原因一是来自于数据量的庞大，二是源于数据的复杂性，三是数据的专业化程度高。目前这一市场份额基数较小，蕴含着巨大的市场潜力，全球只有少数测序服务企业有能力提供基因数据分析咨询服务。


介绍完比较的指标，说一说行业的现状


基因检测产业分上、中、下游三个环节。上游为设备、试剂耗材生产和信息软件尤其测序仪等厂商，握着基因检测整个行业命脉，国外主要被Illumina、Thermo Fisher、罗氏等跨国巨头垄断，国内是有华大基因和贝瑞基因。

中游则是基因检测服务商，购买上游公司生产的测序仪器、配套试剂等，提供基因检测服务。大多数基本集中在中游，相对来讲上游的公司掌握技术比较全面而且利润丰厚，中游的厂商有很多是给上游打工。

下游为基因检测服务使用者，包括个人用户


现阶段国内基因检测市场就像春秋时期一样大大小小的公司都在争相布局产业，扩大受众群体，有一些是通过技术实力有自己的人类基因库，开发自己的二代测序仪，也有一些小公司是通过医院，通过高回扣占领医院科室拉拢客户。


最后说一下几个公司技术实力


由于国内基因检测公司中游的中小公司大多都是给上游的测序仪、试剂、耗材厂商打工本身技术实力相对一般。这其中的关系就有些类似电脑整机的生产厂商和CPU处理器的厂商关系类似，国内很多检测公司使用Illumina的测序仪，另外一些国内积累比较深厚的公司使用自己的测序仪，如华大的BGISEQ1000(基于Complete enomics的测序平台)、贝瑞和康(与Illumina合作生产新型测序仪)、达安基因的DA8600(基于LifeTechnologies的Ion Proton测序平台)

在耗材领域，测序试剂、耗材、检测项目的开发，国内头部测序检测厂商也有一定布局。

与其他行业不同，国内基因检测的技术实力和欧美国家几乎同步，拥有多个全世界规模最大的基因组研究中心，例如：华大基因，是最早开展于二代测序的基因检测公司，参与过人类基因组计划，在国内外的研究院所和大学里受到广泛的认可。但是大众宣传做的一般，还有自己的新一代测序仪，尤其是他的基因变异数据库，它的自建数据库很丰富，毕竟这家公司开展的业务年限最长，另外值得一提是、燃石和贝瑞和康，这俩家公司分别是第一个拿到NGS牌照和国内较早的开展基因检测的公司。


其他国内主要第三方基因测序机构还有思路迪、诺禾致源、贝瑞和康、上海美吉、千年基因、安诺优达、爱健生物、达安基因、金城检验、艾德生物以及迪安诊断等。


最后简单说下检测产品


原想把市面上的几个公司产品拿出来说一说，但容易树敌太多，先知道细节或是某个企业产品细节的关注我，私信说吧，文章里就单单说说个我了解比较多的公司吧，以此为例。

市面上绝大多数产品都是NGS的，提供的panel有大有小国外的一些公司例如罗氏提供的是312个基因的，国内公司有提供599的也有四百多panel的，数量多少取决于试剂盒，当然检测目标基因的越多越好。例如华大的688panel的。

至于价格，单讲同类型的大panel检测，从几千到两万左右都有，有些国外公司提供312个基因就敢要两万左右，真是看国内人傻钱多，有些企业价格便宜，另一些较贵，便宜的不代表产品不好，是因为，有些是因为专注于打造自身实力通过完善检测能力和数据库，然后让利给消费者，另外一些公司价格较贵，则是因为要通过打通医院和科室医生的渠道，借由医生指定检测公司来开拓市场，这样的方式一般对外报价基本高于市价两倍左右。