qRT-PCR 与WB是可以互换的实验吗？

莺歌燕舞

荧光定量PCR做的是研究基因的RNA层面的定量，WB做的是蛋白的定量，但是RNA本身也是可以翻译成蛋白的，所以是不是说这两个实验理论上来说是可以互换的？或者实验结果会有相似性？

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检验医师

这俩实验不完全等价，qPCP检测的是转录水平，而WB检测的是转录后调控水平。
mRNA在翻译过程中受到不少因素影响，所以保险起见你最好两个实验都做，验证表达水平的时候，你摆两个图说服力更强，数据更充分，没人会觉得自己的文章数据太多了吧。
另外，WB有些时候不灵，这实验本身就是半定量的，而且步骤繁多很容易出错，相比之下qPCR要好做一些。有些分泌蛋白，跑WB异常的费劲，我以前就做过一个分泌蛋白的课题，在换了好几批抗体和样品依然无果后，还是选择用qPCR来解决问题。再比如有些时候样品不够多，蛋白提不够，这时候用mRNA反转更好做一些。

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同一个分子，PCR做出来个western做出来的结果是相反的，两个实验都重复了多次应该没有问题，晕了 这可怎么解释？

卡卡

RTPCR关注的是mRNA，是反应转录水平的实验。转录到翻译成蛋白质还有很多过程，这些过程都会影响蛋白质的最终表达水平，甚至蛋白翻译后还会发生降解等等情况。WB检测的是经历这些过程后蛋白质的表达水平，所以两个实验结果可能会出现mRNA高表达而WB蛋白水平并没有提高的情况，所以不能交换。

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不请自来。
这两个实验当然不可以互换。而且最好都要做。为什么？
qRT-PCR检测得是mRNA水平表达，而western检测得是蛋白水平表达。可是蛋白不就是由mRNA翻译出来的么？表达水平应该与mRNA接近甚至相同啊！还真的不是！因为mRNA到蛋白过程还有多种影响因素，例如在哺乳动物体内，miRNA会结合在mRNA的3'UTR区，在不影响mRNA水平下，抑制蛋白质表达水平；即使mRNA在没有miRNA等因素的影响下翻译出来蛋白质，其他因素也会影响蛋白质的含量，例如，如果蛋白质的糖基化修饰发生错误或者异常，可能会导致蛋白质异常折叠，发生降解，使蛋白含量降低；再例如，目的蛋白虽然是胞浆蛋白，但是可以通过胞外囊泡分泌出去，从而降低胞内该蛋白的含量！
综上，细胞内多种因素都可能导致mRNA与蛋白水平表达不一致，而探究mRNA或蛋白被何种机制调控也是很有意思的一件事。

队长是我

两个层面的结果，不可以互换。大部分时间两个结果是一致的，但是如果转录水平很高，但是蛋白没有表达，就会涉及到转录后的修饰或者翻译水平的调控了，这个正好就是你需要解决的科学问题。