预算8k-10K装机，主要用于分子动力学模拟，求大佬指点?

风云

平时想跑一些小分子中药成分和靶蛋白的，不太复杂的结构，大约跑200ns，Gromacs,amber,lammps,Desmond等都可以，配置不太懂，求大佬指点迷津

原文地址：https://www.zhihu.com/question/634133467

卡卡

我也是跑中药单体和蛋白质，200ns。我的软件是gromacs win ，我用下面的配置大概跑一天左右，不需要水冷，风冷CPU在70摄氏度左右。
如果在Linux系统下估计能更快。

卡卡

8-10K，这玩意吃CPU和GPU，需要一个平衡点，预算其实并不是很多，下面列一下配置吧
处理器 I7 13700KF
散热器 雅浚EA5SE 360一体式水冷
主板 技嘉B760M AORUS ELITE AX WIFI D5
内存 光威天策2代DDR5 6400 16GX2
硬盘 光威奕系列旗舰版 2TB NVME M.2 PCIE4.0固态硬盘
显卡 映众RTX4070 12G 耀夜
机箱 至睿魔盒360 刚还侧透磁吸
电源 九州风神PF750 750W 80PLUS
总价：9465

大力水手

Gromacs,amber,lammps,Desmond这几款软件都有CPU、GPU版本，两个版本，CPU版本的代码写好就可以运行，GPU版本的需要看你的方向模块是否支持GPU加速，但是这个问题在你配置服务器的时候可能需要多考虑，个人PC工作站的话不追求3090、4090等卡，普通的3060、4060等完全足够，差距就是时间长短的问题。



这个配置之间给客户报价8K



1.2k

通过你的描述，总结起来，你现在的需求不是很高建议配置


基本价格就在壹万左右，如果预算实在没有多的，显卡可以换成3060，需求满足即可

大力水手

这些软件我不熟悉，但是复制一段别人的回答参考一下：
作者：大山里的小分子 关于用Gromacs跑动力学电脑硬件配置 出处：bilibili，发布于2022年12月04日 17:04
以下简要谈谈用Gromacs跑动力学电脑硬件配置——个人体验
首先说一说自己跑gromacs动力学的实际体验。
随着CPU ，GPU等制作工艺的提升，看似每年电脑的价格差距不大，但是性能有所上涨。也就是说算力更便宜了，近几年来，随着GPU对计算领域的加速，使得动力学模拟等以更低的门槛走进各个实验室。
以下简单说一下我用过的几种电脑的配置，以及他们跑Gromacs的情况。以跑多少ns为衡量标准。（由于每台电脑的配置，散热，内存频率等有所差异，对性能也有一定的影响，不过主要看CPU和GPU 的性能。以下仅供参考。以下为window系统下测试 win10和win11差别不大，不细作注明区分。1.2nm为1.2nm的库伦和范德华截断。1.2nm的为510个残基， 1.4nm的为300个残基，用的都是tip3水模型。
价格为参考，不包括显示器（不要求显示器，几百块的就行）
第七代i7+1050ti  —跑50ns —— 1.2nm  —60小时左右 ——低于3000（现已经不生产）
第十代i7+2060  —  跑50ns  —   1.2nm  —30小时左右——4500左右（老电脑了，不推荐）
第十二代i7+3060（笔记本） —  跑50ns —1.2nm—10小时左右—8800左右（不推荐笔记本）
第十二代i7+3060（笔记本）— 跑50ns  —1.4nm—12小时左右—8800左右（不推荐笔记本）
【同样的配置，台式机比笔记本性能更好，而且更便宜。】
……
第9代i7 +3090 ——跑80ns×4——1.4nm——38小时左右 （CPU有点low）
经过测试，同时跑4个GPU利用率为50%，但9代i7已经跑满，换十二代i7以上的配置，应该可以同时再开两个没问题。买全套3090 台式机，2万左右不推荐成套买3090的，自己组装成本会低小几千。(临时需要的可以去网上租3090，有30块多一天的)。
如果不清楚用什么样的硬件跑Gromacs，不建议立即采购选配置。建议先网上租几天试试。像3060 ，20多一天，3090也有30多，40多，一天的。先试试不同的配置，根据自己的预算，再做考虑。
关于跑Gromacs，GPU和CPU的搭配，以前觉得跑Gromacs可以把预算都考虑到显卡上，3080起步，CPU可以拉一点，其实不然，跑Gromacs两个都要考虑CPU和GPU。
原因不做过多叙述，给出跑计算的实例作为参考。
跑的体系是RNA，70个碱基，长度8纳米，1.4nm的截断。按原子个数来说，这个体系不算大，但很耗时间。但按照盒子的大小来说，这个RNA定义的盒子比得上一般600个残基的蛋白质，虽然我们分析的时候都是把离子和水去掉，但是计算的时候确实整个体系来算。应是这个盒子大小也很影响计算时间。
如果有兴趣的话，可以拿一个Cubic和Dodecahedron分别定义的体系来做一下测试对比。记录一下添加的SOL数目，一测便知。
12代i5+3090  ----一个------跑30ns ------------CPU满载-------GPU 50%左右------ 7个小时
12代i5+3090  ------两个----跑30ns ------------CPU满载-------GPU 80%左右------ 10个小时
这个时候再加下去已经没有什么意义了，跑一步运算，需要CPU和GPU协力，这时候CPU已经忙不过来了。内存使用5GB左右。
Gromacs并不吃内存，但是CPU和GPU都有要求。
笔记本是CPU和GPU共用散热风扇的，比不上台式机的塔式散热。虽然有些广告说满血版，超强散热什么的，但是散热物理体积和电源功耗在那摆着，性能不如台式机（同价位下）。举个例子 ，这里的内存频率，显示器等，暂不考虑。
笔记本12代i7+3060（6GB显存）+16GB+512固态 ≈ 8800左右；
台式机12代i7+3060（12GB显存）+16GB+512固态 ≈ 6000左右；
看12代i5+3090跑Gromacs的表现来看，CPU至少要十二代i7以上，GPU看预算了，至少也要3060ti。32GB内存 虽然Gromacs并不吃内存。但是像高斯这类软件，大一点的体系就很吃内存了，先预备着。硬盘的话至少1TB固态，Gromacs运行出来的文件挺大的，再一分析生成md_fit.xtc就得好几GB。或者直接2TB固态，装双系统的时候，分区就不用纠结了。
这里建议intel+Nivida的组合，并不是AMD的不好，只是对于不少程序计算加速来说，cuda支持的比较好，而且用户比较多，不然在编译和使用的时候，可能会出现不支持或者调参数情况，有点麻烦。