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[分享] 大家是如何入门并走上生物信息道路的?

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发表于 2024-10-25 09:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
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发表于 2024-10-25 09:16 | 显示全部楼层
看到这个问题,很有感触,毕竟从本科到现在已经八个年头了,生信已经占了我人生的1/3,所以打算回答一波。
如何走上生信道路的,我和目前的回答都不太相同。。。当时高考结束,家里花了一些钱找专家咨询选专业选学校,我当时一心想学理论或应用物理学(现在想想,还好没学,自己脑子不够用。。),然而阴差阳错的是,最适合我的那所学校没这方面的专业。于是就让我自己在剩下的专业里选自己最喜欢的,我一眼就相中了生物信息学,当时满脑子X战警,感觉好酷。不过虽然这么说,自己还是仔细研究了下这个专业,然后发现真的很适合自己,最终就定了。从此就在这条路上开冲了。。。所以总结来说,应该是兴趣使然
于是在八年前,我从大西南去到大东北学习生物信息,毕业后,又从大东北去到珠三角从事生物信息的工作,最后来到香港读博,继续从事生物信息相关研究。我觉得整个过程挺奇妙的,中间包括现在都有过很多头疼时刻,但也希望自己能继续坚持下去吧,虽然咱们这行工资相对低,但是我个人雀实挺喜欢这个专业的。
这个过程里,技能大幅提升我觉得是在两个阶段,一个是工作阶段,一个是目前读博阶段。具体怎么提升的,基本就是自学,没啥好说的,我感觉各行各业应该都差不多。为啥提升大,也很简单,压力来了,你不提升就得走人,再加上我不厌恶相关工作内容,所以当时基本上就是没事看代码,看paper,撸代码,然后google,baidu就是最好的老师,差不多就是这样子过来的-。-
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发表于 2024-10-25 09:17 | 显示全部楼层
我并没有走上生物信息的道路,这只是我的一个额外技能。像我这样的大多数人可能也像我一样是始于“被迫”的吧。。。
我们这里有一个专门做生物信息分析的小组(bioinformatics core),负责对整个大实验室的测序结果做分析,小组成员都有编程基础,对生物学也有一定的了解。他们接手结果后,一般会用已经发表的流程分析一下,提供基本分析结果(比如RNA-seq的差异基因)。如果有进一步想做的其他分析,就再开会、再讨论、再尝试、再开会、再讨论、再尝试、再开会。。。一晃就是好几个月。
小组3个人要负责大实验室30个人的结果,一般情况下core的手上有4-5个并行的课题。沟通需要成本,等待异常煎熬,矛盾逐渐积累。没有分析过的人会以为分析起来就像“按一个按钮”一样快,分析过的人在做没有分析过的问题时其实会花很长时间来尝试、甚至质疑问题的可行性。
最后决定自己硬着头皮上。我没有特别系统的从0学起,基本上是用什么就学什么,不会就google或者问别人。这样的缺点就是我很难系统性地去教别人。。。我最大的感慨是,如果真的到了必要的程度,什么都能解决。用的多一点,就更加得心应手,可以扩展到做除了生物信息以外的地方,比如做图。我这样水准的人还要多仰仗真正做生物信息的大牛们开发各种好的package~
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发表于 2024-10-25 09:18 | 显示全部楼层
兴趣使然。如果不是对生物和计算机感兴趣的话,硬学真的很熬人。研究生入学前还是什么都不知道的小白,从国庆假期开始才慢慢自学生信,了解什么是Linux系统,什么是ChIP-seq和RNA-seq等等,基本上每天都是朝九晚十二的看文献、敲代码什么的才能半只脚踏入门吧。如果没有兴趣,那真的就只能的三天打鱼,两天晒网了。而且代码这个东西很容易忘,不同系统的语言相似但是逻辑不一样,所以如果没有重复“一千次”以上,入门也是非常难的。
希望大家都能带着兴趣or课题,了解生物信息的基本原理,就能感受到“柳暗花明又一村”的兴奋与激动了(positive data)!!

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发表于 2024-10-25 09:19 | 显示全部楼层
楼主都自问自答了,我也是还是回复一下。
我不是生物信息的正规军,而是一名统计学的本科在读学生。最开始接触生物信息还是通过《意林》了解了消费级的基因检测。因为我对这个比较感兴趣,就开始自学生物信息。受到个人实力和专业前景的影响,高考没有报生物信息。目前的主要任务还是在完成自己的学业,平时帮人分析一下bam数据,维护一下网站罢了。
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发表于 2024-10-25 09:20 | 显示全部楼层
楼主我就自问自答下吧,分享下我个人的经历,希望对后来者有所帮助。
我是13年考的中山大学研究生,当时报考的专业是生物化学与分子生物学,这专业一听肯定就是搞实验研究的,我自己本科也是学生物,也对将来做实验毫不怀疑。在研究生面试的时候,老师让我讲了下我大学的一些经历,我就将我在大学里面,考过的计算机,英语,实验,毕业论文等这些信息说了下,其实生物实验方面的训练,我本科院校所学真是没啥可讲的,硬生生讲了一下,结果,面试的老师对我计算机方面的能力格外感兴趣,我是大一时候自学的C语言(用了一个月时间),当时考二级,我记得机试就用了10分钟,然后满分通过。后台湖南省有个计算机考试,也是全院第一,唯一一个优秀。当时我之所以考C语言,其实也是看到周边同学在报班考证,所以我也就跟着学了下。没想到在考研面试这里起了大作用,因为所有面试者中就我一人会写代码(当然我的专业成绩排名也还可以,第十),就这样,我被老师录取去做生物信息了。当时,我是不知道生物信息是干啥的,我就问老师这个也能做肿瘤研究么(我考研主要就想研究肿瘤),老师说可以,我说那就行。后来,老师让我买本perl入门,以及R语言入门,回去学习学习。我趁着研究生开学前的一段时间,把这些代码都看了下,感觉挺简单的(有一门编程语言的基础,学习其它语言就会很容易)。开学后,老师让我重现mirdeep的源代码(一款miRNA鉴定的工具),然后我就把它的代码逻辑看了下,并做了些重现。把这个任务做完后,基本就算是生物信息入门了,后续就是不断的去利用程序员思维去解决各种各样的生物学问题了。所以,作为一名合格的生物信息人员,会写代码,能看懂代码,那是基本功,然后就是运用程序员思维来解决生物学问题。所以,至今,我从没做过任何生物实验,我的日常工作就是写代码。
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