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芯片和测序是两种不同的检测平台。实验的原理也是不同的,通常说的染色体芯片分析(chromosomal microarray analysis, CMA) =aCGH+SNParray两种技术的组合,Array-based comparative genomic hybridization,aCGH,原理:将等量待测DNA和正常对照DNA分别用红色和绿色荧光染料(如Cy5/Cy3)标记,混合,然后与全基因组DNA芯片进行竞争性杂交。杂交后的芯片用激光扫描,比较每个点红光和绿光的发光强度。单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array, SNP array), 原理:与aCGH采用双杂交策略不同, SNP array利用待测样本与芯片探针进行单杂交,通过比较不同样本信号强度来确定每个位点的拷贝数。
测序有单基因测序(一代测序)和多基因测序(二代测序),单基因检测技术中应用最广泛的是Sanger测序,也称一代测序。Sanger测序因仅能检测一个或少数几个基因,适用于明确可识别的特异性表型的疾病诊断。Sanger测序的优势是成本低、覆盖度高,对于目标非常小的测序任务,如验证某一个位点的变异,或者检测几个外显子,则非常适用。Sanger测序最大的应用局限性就是通量低,只能对一个或少数几个基因变异导致的高度特异的临床表型进行确诊。其次是灵敏度低,Sanger测序是以峰图形式呈现,用于检测纯合或杂合变异,但是对于检测样本中体细胞嵌合体、线粒体DNA等低丰度变异则无法检测到。另外Sanger测序只能对特定基因进行检测,有可能检测到意义未名的变异(Variants of Unknown Significance,VUS),但无法实现新致病基因的科研发现。
多基因检测技术主要是NGS测序,也称二代测序。可以对基因组的成百上千个基因、甚至全部人类基因进行大规模的平行测序,同时对产生的数十万至数百万的数据进行同时读取。NGS测序技术的检测优势:(1)通量高。(2)灵敏度高。(3)NGS测序有可能会发现新的致病基因。 |
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