二代测序注册你知道多少？ —— FDA发布传染病二代测序诊断器械注册审查指南草案

John

引言
      基因测序领域在备受青睐的同时，也面临着获得上市审批的巨大挑战。截至到目前，除了一些一类通用试剂和测序设备外，仅有应用于产前筛查的基因二代测序试剂已获得国家食品药品监督管理总局的批准，至于应用于其他领域的二代测序试剂，有些商家正为此积极准备，包括产品的注册检测和临床试验等。
       由于此项技术在世界范围内还没有被广泛地应用于临床诊断，因此，在注册准备过程中，缺乏必要的信息作为参考。
       近日，美国FDA颁布了一个相关的指南草案，法荟根据自己的理解，将部分内容做了翻译，供同行参考。 若有差错，请指教。

FDA发布传染病二代测序诊断器械注册审查指南草案

       2016年5月13日，美国FDA在其官网上发布《基于二代基因测序的传染病诊断器械：微生物鉴定及耐药性和毒力标志物的检测》,并对外公开征求意见，反馈时间截至2016年8月11日。
       该指南适用于使用靶向测序或宏基因组测序检测传染病病原或耐药性及毒力标志物是否存在的二代基因测序器械，不适用于旨在筛选血液、细胞或组织的供体的器械。法荟提炼了该指南草案中针对分析性能评估部分的要求，供大家探讨。

1.  最低检测限
       该指南草案指出，针对靶向测序和宏基因组测序两种情况下最低检出限的确定方法是完全不同的。对于宏基因组测序，需要视具体情况来确定评估方法。对于靶向测序，最低检测限的确立通常是采用95%（n≥20）的阳性检出率作为最低检测限确定的标准，具体试验设计可参见“Highly Multiplexed Microbiological/Medical Countermeasure In VitroNucleic Acid Based Diagnostic Devices” (http://www.fda.gov/downloads/Med ... ments/UCM327294.pdf)。
       此外，也可以根据产品设计合理的评估方案，采用概率分析法来建立最低检测限。具体试验设计可参见“EP17-A2, Evaluation of Detection Capability for Clinical LaboratoryMeasurement Procedures; Approved Guideline; 2012”。

2.  灵敏度与特异性
       灵敏度与特异性能够反映出对不同来源的样本，其特异性检出预期用途中声称的所有序列的能力。通常评价所用的样本来源于预分析的临床培养样本，其浓度应位于最低检测限附近。如临床培养样本难以获得或者管制微生物，可以考虑使用预抽提DNA或者构建序列作为分析样本。

3.  干扰物质
       建议根据试剂盒所采用的样本类型，确定潜在的干扰物质。干扰物质可能来自内源物质（如溶血、黄疸及脂血样本等）或外源物质（如处方药及非处方药、抗凝剂等）。具体试验设计可参见CLSI “EP07-A2, Interference Testing in Clinical Chemistry; ApprovedGuideline; 2005”。该指南同时列出了基于靶向测序和宏基因组测序的产品根据其预期用途应提交的干扰试验清单。

4. 精密度（可再现性和重复性）
       应进行可再现性评估，来对可能影响检测重复性的多个变量进行验证。如选择不同的实验室，由不同的操作人员使用不同批号的试剂，在一段时间内对同一测试样品测量结果的精密度评估。具体试验设计可参考CLSI “EP12-A2, User Protocol for Evaluationof Qualitative Test Performance; Approved Guideline; 2008”。
       同样地，对产品应进行重复性评估，以评价在一定的检测条件下，对标准物质进行多次重复检测后的测量精密度。具体试验设计可参考CLSI ” EP12-A2, User Protocol for Evaluation of Qualitative TestPerformance; Approved Guideline; 2008 “。

5.  检测系统的携带污染和交叉污染
       应评估携带污染对检测结果可能带来的影响，包括对整个测试系统的评估，如核酸的分离纯化、文库制备、阳性样本（待测靶核酸呈强阳性的浓度）和阴性样本的交替检测。产品的标签上应标示携带污染率相关信息以提示用户。而且，基于携带污染率的高低，有些可能还需要在产品的包装标签上给出其他额外的信息，比如警告、注意事项和清洗说明，以指导用户如何降低或消除对试验结果带来的影响。

6.  稳定性
       应进行产品的效期稳定性试验并提供研究方法的确定依据、具体的实施方案、详细的研究数据以及结论。如适用，应提供加速稳定性试验方案和研究结果。应对每项研究给出合理的评价指标以及确定依据。

7.  其它性能试验
       依据产品的预期用途、样本类型和试验设计，建议进行以下研究：
1）基质等同性研究（如适用）；
2）新鲜样本和冷冻样本的比较研究；
3）样本稳定性研究；
4）交叉感染研究。

来源：法荟