盘点商业公司的DNA数据存储平台

千姿百态

基因测序目前正在全球蓬勃发展，随着测序行业进入高通量测序阶段，全球每天都会产生巨量的数据，而illumina在2014年年初发布的高通量测序仪Hiseq X Ten的单台仪器每次运行可产出高达1.8Tb的数据，每台仪器每天产出约600Gb的数据。

庞大的数据存储，需要DNA数据平台来存储这些数据。由于DNA数据中潜藏着个人遗传信息，未来它潜藏着巨大的价值。打造DNA数据存储平台，也是目前很多测序公司积极准备的一项工作，本文为大家盘点一下目前主要的商业DNA数据存储平台。

DNAnexus

这是一家备受Google看好的DNA数据存储公司。DNAnexus让用户把测序数据存到其服务器上，再以极低的价格提供标准的数据分析服务。这就是DNAnexus对DNA数据的原始积累，然后这家公司再对这些大量的数据进行大数据分析，从而找出背后的规律，就可以服务于健康产业。

Flatiron Health

这是一家大数据肿瘤医疗行业的初创公司，目前已完成了1.3亿美元B轮融资，由谷歌旗下风投机构谷歌风投（Google Ventures）领投，成立于 2012 年。它瞄准的是一个少人踏足的数据分析领域——癌症患者的肿瘤数据。目前，仅有 4% 的癌症病人会参与临床试验，这也就意味着有 96% 癌症病患的治疗信息是无法轻易获取。而 Flatiron Health 正在做的，就是收集临床以及基因数据、患者的治疗结果、医生的治疗手记以及费用等等，然后将这些信息呈献给肿瘤学家，分析过往治疗的效果以及研究新的治疗手段。全美现在有约 1000 名肿瘤学家正在使用 Flatiron Health 的数据。

BaseSpace

BaseSpace是Illumina创新的云计算平台，Basespace拥有6个独立的数据分析应用程序：重测序、扩增子测序、16S宏基因组、de novo装配（由Velvet支持）、小分子RNA和文库QC。目前利用Illumina Experiment Manager（Illumina实验管理器），在样品表设置时选择好所需的分析，运行开始后数据就直接传输到BaseSpace。一旦测序运行完成，BaseSpace自动开始运行指定的分析，无需用户干预。分析在几小时内完成，并自动生成报告。

Basespace不单能与MiSeq™系统及其他的Illumina测序平台直接整合，而且提供数据分析、储存和共享的理想云方案。另外，它的重要的意义在于，为将来的实验室数据分析提示了一种新的思路，即通过租用公共的云空间和云计算服务，让实验室减轻高性能计算和储存的负担，更轻快专注于研究。今后“云存储”“云分析”“云计算”服务必将在生命科学领域日益普及，或许不远的将来，还会有“云实验”！事实上，一家叫祖母绿的公司正在尝试这方面的服务。

EasyGenomics

EasyGenomics是华大基因2012年第一个自主开发的云服务产品，该平台集基因组学领域内常用的和华大基因特有的数据及参数为一体，结合云存储和高性能计算技术，能够以更低的成本、更高的效率完成大量的基因数据处理及分析。目前，华大基因已经拥有212TFlops的峰值计算能力，总内存容量已达到37.2TB，总存储能力已达到17PB。


来源：生物探索