| 导语： 您是否有过在读病原NGS报告时，看到一些奇奇怪怪的菌的名字而产生疑问。比如库德里阿兹威毕赤酵母是个什么菌？这个光滑奈卡菌是个什么菌，要怎么治疗？β冠状病毒1型是新的冠状病毒吗？与新冠有什么关系？看着这些如同“外星语”般的名字，您会不会惊出一身冷汗，以为又碰到了什么罕见的病原。但经过仔细核对，大家才哭笑不得地发现：这其实都是些临床天天见面的“老熟人”。随着病原宏基因组（mNGS）和全基因组测序（WGS）的广泛应用，我们获得了更多组学数据，基于此，微生物分类学迎来了翻天覆地的重塑。然而，当冰冷的“前沿分类学名”直接抛给忙碌的临床医生时，往往会引发巨大的沟通鸿沟。今天，我们就来聊聊 mNGS 报告中那些微生物命名的怪异时刻，以及最终笔者想发起的行业倡议：在更新微生物名称时，必须兼顾临床现状，科学且务实地规范命名。一、 披上“马甲”的老熟人：有性/无性型与基因组重分类在真菌界，一个物种往往有两个名字：一个是体外培养时常见的“无性型”，另一个是特定条件下产生的“有性型”。在过去的培养时代，临床习惯了它们无性型的名字，但 mNGS 等技术是直接检测原始样本中的核酸，在进行数据库比对时，往往会无差别地采用分类学上的另一个名字（通常是最新或更有性的名字）进行归类报告。这一事件本身很好，但导至了临床上频频出现如下的困惑：库德里阿兹威毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）： 听起来像俄罗斯来的狠角色，其实它就是临床极其熟悉的——克柔念珠菌（Candida krusei）。葡萄牙棒孢酵母（Clavispora lusitaniae）： 其实就是——葡萄牙念珠菌（Candida lusitaniae）。光滑奈卡菌（Nakaseomyces glabratus）：也就是大名鼎鼎的侵袭性真菌——光滑念珠菌（Candida glabrata）。随着基因组学的发展，它因与酿酒酵母亲缘关系更近，被重新归类到奈卡菌属。临床隐患： 临床医生对“光滑念珠菌”、“克柔念珠菌”烂熟于心，但看到“光滑奈卡菌”时，可能就会出现困惑时刻。这种为了追求学术绝对严谨而忽视临床习惯的做法，无疑增加了高昂的教育成本和提高了误诊风险。当然，并非所有的改名都是添乱，有些重命名则是为了解决长久以来的“临床假警报”。以白喉棒状杆菌（Corynebacterium diphtheriae）为例。过去，只要 mNGS 或质谱报出这个名字，由于白喉属于法定传染病，立刻会引发临床和院感的高度紧张。但实际上，患者可能没有任何白喉的典型症状。后来通过深入的基因组分析发现，这些其实是白喉棒状杆菌亚种中的无毒株/弱毒株（不携带白喉毒素基因）。为了将其与真正引发致命白喉的致病株区分开，2018年分类学家将特定的非致病/弱致病分支独立命名，即贝尔方蒂棒状杆菌（Corynebacterium belfantii），用于纪念其最早的发现者（Belfanti）。2021年，有研究分析了2014年至2019年间送至西班牙国家参考实验室的产毒和非产毒棒状杆菌分离株的微生物学和流行病学特征。共分析了39株棒状杆菌分离株。其中21株鉴定为白喉棒状杆菌（6株产毒），14株为贝尔方蒂棒状杆菌，4株为溃疡棒状杆菌（3株产毒）。此时，mNGS 在升级生信数据库时，精准纳入这类新命名具有巨大的临床价值。这个新名字虽然临床很陌生，但它的出现极大地降低了误报和恐慌。致病性存在天壤之别的菌株，就不该共用一个令人闻风丧胆的名字。这是分类学服务于临床的绝佳案例。当然，如果mNGS未来进一步能够区分此类棒状杆菌是否携带产毒基因（tox基因），发挥其组学的优势，也是重要应用场景。三、 遭到群嘲的争议性合并：苍白杆菌绝不是布鲁菌！如果说拆分是为了精准，那么有些单纯“基因同源性”的合并，则完全是脱离临床实际的“乱点鸳鸯谱”2020 年，有学者基于系统发育学，提议将自然环境中的条件致病菌——人苍白杆菌（Ochrobactrum anthropi）并入布鲁菌属（Brucella）。这一提议在 2023 年遭到了全球近 70 位临床医生和公共卫生专家的联名抵制。原因很简单：布鲁菌是导至极其严重的动物源性传染病（布病）的元凶，实验室操作需要极高生物安全等级；而人苍白杆菌只是环境中的条件致病菌。临床底线： 如果仅仅因为基因长得像，就把它们合并，临床医生看到报告上的“布鲁菌”时，如何判断患者是环境感染还是高危传染病暴露？这也说明，物种命名决不能“唯基因论”，必须高度尊重临床表征和致病性差异。四、 病毒学的分类变更：ICTV 的“双名法”风暴在 2021年之前，病毒的物种命名比较自由（通常就是英文通用名）以及各地区对应的俗名。但在 2021年，ICTV （国际病毒分类委员会）正式确认病毒的“物种名（Species）”需要遵循林奈双名法，采用拉丁化的“属名 + 种名”。呼吸道合胞病毒： 官方物种名叫 Orthopneumovirus hominis（人正肺病毒）。甲型流感病毒：官方物种名叫 Alphainfluenzavirus influenzae（流感甲型流感病毒）。猴痘病毒：官方物种名叫 Orthopoxvirus monkeypox（猴痘正痘病毒）。人类冠状病毒 OC43：官方物种名叫Betacoronavirus gravedinis，该类别还有我们熟悉的新型冠状病毒、人类冠状病毒HKU1(Betacoronavirus hongkongense)，以及高致病性的SARS（Betacoronavirus pandemicum）和MERS(Betacoronavirus cameli)以及跨属的人类冠状病毒229E(Alphacoronavirus chicagoense)。当然， ICTV 官方其实给出过极其明确的声明，指出这些常见病毒的分类俗名和分类（例如，HIV、日本乙型脑炎病毒）并存，不在相关生物命名法规的管辖范围内。但是，只要它们所指代的生物与已定义和描述的分类单元相对应，就可以在科学交流中使用它们。多年来，ICTV一直在病毒元数据资源库（https://ictv.global/vmr）中收录常用病毒名称及其所属分类单元的列表。而现在因为命名的更新，很多报告系统完全照搬 ICTV（国际病毒分类委员会）的官方拉丁语直译，可能会导至临床报告根本没法看。病原体的新命名、新分类，反映了医学和基因组学的巨大进步。但在 mNGS 报告推向临床的那一刻，我们必须清醒地认识到：一份优秀的检验报告，不仅要“测得准”，更要“看得懂”。分类学有分类学的逻辑，其本身是反映自然进化关系，而非服务临床报告。临床有临床的需求，临床报告的不便，更多是信息传递机制的缺失和新命名的不适应，二者之间需要桥梁而非对抗。在微生物命名上，如果是出具一份偏临床诊断的报告，可以遵循因临床制宜的原则：对于致病机制、耐药谱相同的同一病原体（如有性/无性型）：1. 应优先采用临床指南中最通用的名称，或在报告中采用“双命名法”（如：光滑奈卡菌 [光滑念珠菌]）。对于致病性存在重大差异的同属近缘种： 2.坚决支持精细拆分，拒绝和稀泥式的合并（如布鲁菌与苍白杆菌）。如果确需引入全新分类名： 3.行业必须提供强有力的科普培训与指南更新，而不是把一个突兀的生僻词直接扔给临床。因此，提供检测的服务单位，要考虑临床实用性与新分类的包容，同ICTV数据库一样，建立新命名与常用名称的数据库。基于数据库，在报告时按照如上原则进行报告。总体来说，改名的底线是不能影响临床决策和患者安全。毕竟，我们检测的最终目的是为了挽救生命，而不是在临床报告单上，开一场微生物分类学的学术研讨会。Dazas M, et al. Taxonomic status of Corynebacterium diphtheriae biovar Belfanti and proposal of Corynebacterium belfantii sp. nov. Int J Syst Evol Microbiol, 2018.Badell E, et al. Molecular and Epidemiological Characterization of Toxigenic and Nontoxigenic Corynebacterium diphtheriae, Corynebacterium belfantii... Isolates Identified in Spain from 2014 to 2019. J Clin Microbiol, 2021.Walker PJ, et al. Recent changes to virus taxonomy: the need for a valid species concept. Arch Virol, 2022.
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