病原靶向测序（targeted NGS, tNGS）的出现，让本来逐步红海化的病原宏基因组（mNGS）测序市场竞争格局，变得更加扑朔迷离。
WGS vs tNGS vs mNGS 图来源：Clin Lab Med 39 (2019) 405–418.（1） 替代 OR 互补 目前临床上传统微生物培养方法和经验诊断仍是主流，由于传统的病原诊断手段效率低，病原微生物培养需要较长时间，此外微生物培养的阳性率比较低，导至很多病原感染并不能分离取得微生物。病原宏基因组（mNGS）测序技术改善了临床现状，同时受制于成本高、准确率低等原因，在临床的应用局限在较小的范围内，这一现状给病原靶向测序（targeted NGS, tNGS）留出了协同的空间。 tNGS ( Targeted Next-generation Sequencing )是近几年进入临床视野的靶向高通量测序技术，将“PCR”和“NGS”的优势结合，采用超多重PCR正向富集目标病原，提升检测灵敏度，同时可以排除宿主核酸干扰，经测序和生信分析可实现不同症候群、感染脏器、患者类型等多种临床场景的核心病原鉴定。 在大多数情况下，通过病原靶向测序，患者所感染的病原体就可以被确定。就目前的数据来看，临床常见的病原体约有100-200种左右。面对疑似感染的患者，先使用靶向测序技术初次检测，将常见的病原微生物以及相关耐药信息提供给临床。如果患者感染的病原体不在所采用的靶向范围，则可能属于相对罕见的，甚至是新发的病原体。到这个阶段，再启动宏基因组测序，来开展大海捞针式的病原确定。 市场分析 那么，病原靶向测序的市场容量到底有多大？又将给各类企业带来怎样的机会？我们尝试从以下几个方面来分析： tNGS技术原理及特点 tNGS可以同时兼顾DNA和RNA流程，并缩短了检测时间，具有性价比高、可定制等特点。从技术角度tNGS具有以下几个特点： （1）靶向富集目标病原体，显著提升灵敏度； （2）针对特定的耐药或毒力基因设计引物，强化其检出； （3）同时兼顾DNA和RNA流程，具有高性价比； （4）病原体设定范围明确，显著简化解读流程。 差异化分析 从某种意义上讲，病原靶向测序（tNGS）的迅速普及，是借了病原宏基因组测序（mNGS）产品的光。诚然病原微生物宏基因组检测也并非没有短板，检测灵敏度便是其中一个。 （1）灵敏度 病原靶向测序技术通过超多重PCR扩增与高通量测序两种技术的结合，对待测样本中几十种至几百种已知病原微生物及其毒力和耐药基因进行检测。由于在测序时只对病原微生物核酸进行测序，这样就可以大幅度提高病原微生物的检测灵敏度。
来源：动脉网 （2）降本增效 病原靶向测序的另一优势在于低成本。相比于目前耳熟能详的mNGS产品，病原靶向测序的成本仅为其1/4-1/3，更具卫生经济学价值。 首先是在基因测序仪的选择上，病原靶向测序可以应用相对更简单、定价也更低的基因测序仪。 其次病原靶向测序的核酸数据量是病原宏基因测序的1/100，从而测序数据量更小。 最后是在测序操作层面，病原靶向测序对使用者的专业水平要求没有很高，整体的自动化程度更高，会在一定程度上降低人力成本。 展望未来 现阶段，病原靶向测序主要面对呼吸道感染患者，而呼吸道感染以病毒感染为主。一个不可忽视的事实是，如果局限在当前的应用场景之下，病原靶向测序的市场天花板并不高。 以每年完成100万人次的病原靶向测序计算，单次收费千元级，这个市场的整体规模不过10亿元。对于病原靶向测序而言，更大的市场机会，在于突破现有应用场景的边界。 首先是所针对的病原类型。 引起医院感染的病原体包括细菌、病毒、真菌等。其中，最常见的是细菌感染，超九成医院感染都是细菌所导至，以革兰阴性菌为主（2）：主要有大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌。换言之，现有的tNGS可能只覆盖了院内感染病原体的冰山一角，未来还有更大的应用空间有待我们探索。 参考文献 （1）Clin Lab Med 39 (2019) 405–418. （2）周 薇，许世林,董梅花，等. 2010-2019年我院血液科细菌感染患者病原菌分布及耐药性的单中心研究 . 中国临床新医学 , 2021,14 (11)：1106 -1111. （3）姜晓峰. 高通量测序在临床分子诊断中的应用与展望. 检验医学, 2017, 32(4):250-254. （4）鲍芸, 肖艳群, 王华梁. 高通量测序技术的临床应用及质量管理. 中华检验医学杂志, 2022,45(11) : 1099-1103. 撰写 | 潘纯 校稿 编审 | 卜范峰 编辑 | 谭易秋子 |
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