我在以前的公众号文章:怎么区分相似物种,利用每个亚种的分子标记,如SSR、SNP,通过一组或几组SNP信号标记进行聚类分析,从而鉴定不同的病原体。刚好也看到江汉大学彭海教授关于此方法的专利:一种人类副流感病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用。也介绍了基于这个思路的具体做法。大家感兴趣的可以查阅。 该方法的具体实验思路,如下图所示。在人类副流感病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域,一般是多个SNP位点,所以简称唯MNP。然后利用这些MNP,区分不同的病原。详细的实验流程和方法,大家可以看具体的专利文献。  利用该方法,对湖北省疾病预防控制中心提供的6份人副流感病毒毒株进行检测,样本依次命名为S1‑S6,每个样品的测序平均覆盖倍数达3110倍,每个毒株均可以检出全部15个MNP标记。将6个毒株的指纹图谱进行两两比对所示,有1份和同批次一起检测的5份人类副流感病毒在10个MNP位点的主基因型存在差异存在毒株间变异,因此,可以判定S2毒株,存在毒株间变异作者也利用该方法构建了人类副流感病毒MNP指纹数据库,可应用于大规模样本的人类副流感病毒的鉴定和遗传变异检测。当然,也可以利用该技术方案,开发其他病原。大家感兴趣的可以试一试,具体方法和思路,专利中写的比较详细,可以作为参考。大家可以仔细的阅读体会。
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