吉因加捕获法tNGS在免疫低下的下呼吸道感染患者中的临床应用价值再添力证！

近日，上海交通大学医学院附属仁济医院的李敏教授团队在Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials （JCR分区Q1）发表了关于评估捕获法tNGS在免疫低下的下呼吸道感染患者中临床应用价值的研究成果。该研究基于吉因加探针杂交捕获的 tNGS panel，对下呼吸道感染患者进行了回顾性分析，评估了tNGS与临床诊断的一致性。研究结果证实tNGS技术在辅助临床诊断和提供抗感染治疗指导方面展示了其重要性和潜力。吉因加将携手仁济医院检验科分子诊断平台在未来进一步探索tNGS方法在更多临床场景下的应用潜力和价值，为该技术的广泛应用提供坚实的证据支持。

随着免疫抑制剂使用的增加，越来越多的人出现免疫功能障碍，导至危及生命的事件（尤其是感染）的风险增加，下呼吸道感染（LRTI）是全球免疫功能低下个体死亡的主要原因，由于此类患者感染的病原体的复杂性，可能需要结合各种检测方法， mNGS方法成本高，目前更常用于重症监护病房（ICU）和危重患者。tNGS方法成本效益高，前期研究表明tNGS在鉴定LRTI病原体方面表现出与mNGS相似的敏感性和特异性。因此该研究旨在通过比较tNGS与mNGS和传统的微生物检验（CMT）的性能来评估tNGS在免疫功能低下患者中辅助诊断LRTI的临床表现。

本研究回顾了197位既往就诊于仁济医院的免疫低下的可疑下呼吸道感染患者，最终纳入88名符合研究要求的患者进行分析，所有患者前期都进行了mNGS检测和传统的微生物检验（CMT）。

图1：研究设计

tNGS在所有患者中的诊断价值

首先比较了tNGS与mNGS以及CMT的临床诊断价值。以临床诊断为参考， tNGS和mNGS的诊断敏感性分别为90.48%和88.09%。tNGS与 mNGS的诊断准确性相似（88.64% 和 87.50%），但高于CMT和培养（60.23% 和 44.32%）。无论是单纯感染还是混合感染，tNGS都表现出比CMT更高的诊断一致性。

在病原体检出比较中，tNGS检测出的病原体数目最多，显著多于mNGS。这主要得益于tNGS的DNA和RNA共同检测，而mNGS仅进行了DNA检测。 tNGS不仅额外检出了RNA病毒，而且对SARS-CoV-2和甲型流感的分型结果与PCR结果一致。tNGS展示出显著优于CMT的病原体检测能力，无论是细菌、病毒还是真菌。

图2：tNGS 在 88 个样本中的诊断性能

tNGS在免疫功能低下患者中的诊断价值

在免疫低下患者中，tNGS的敏感性为94.33%，与mNGS的92.45%相当，与整体人群的90.48%相当，无显著差异。另外，与CMT比较，NGS方法的诊断准确率显著更高。

免疫低下和免疫正常患者的病原谱存在差异，细菌感染在免疫正常患者中更常见，而真菌感染在免疫低下患者中发生比例更高。与上述结果相似，tNGS比CMT发现更多的病原体（97.62% vs 44.05%，p<0.0001）。与mNGS相比，tNGS几乎发现mNGS检出的所有病原体，除了在tNGS panel之外的病原体。这也提醒我们tNGS的靶向设计会存在罕见病原体覆盖不全的风险。

图3：tNGS与mNGS 和CMT在免疫低下患者中的诊断比较

NGS 对抗生素调整的临床影响

收集了mNGS对所有的患者的病原学诊断和抗生素决策的影响。mNGS对73.86%患者的抗生素选择和决策产生了正向的影响，17.05% 根据结果进行了抗生素的升阶梯、降阶梯或者停用的调整。通过比较tNGS与mNGS的一致性，可以类比发现，tNGS可以对72.72%的患者产生正向的影响，17.05%根据结果进行适当的抗生素调整。