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引领Q40测序新时代——Onso短读长测序仪

2024-2-23 15:25| 编辑: 归去来兮| 查看: 1255| 评论: 0|来源: ATCG World

摘要: 现在PacBio已经成为同时拥有长读长和短读长测序技术的唯一(在我印象中是)玩家。


PacBio以SMRT长读长测序技术而闻名,关于其发展历程、核心技术以及相关平台之前有介绍过:PacBio SMRT 测序技术及发展历程一文了解PacBio文库构建流程PacBio长片段核酸提取技术与流程PacBio新款长读长测序仪Revio有哪些看点?

今时已不同往日,现在PacBio已经成为同时拥有长读长和短读长测序技术的唯一(在我印象中是)玩家。今天我们要聊的就是他们推出的第一款短读长测序仪—Onso。

这台仪器的推出一下子就引起了热议,原因是这位“”宣称自己的测序仪准确度进入Q40时代。

以往NGS厂是以Q30来表征测准确度,如illuminaMGI,现如今也在跟随潮流卷进Q40的时代。

2月6号,在2024年AGBT(Advances in Genome Biology and Technology,基因组生物学技术进展会)上,MGI发布全新一代测序试剂StandardMPS 2.0:准确度提高十倍!华大智造面向全球发布StandardMPS 2.0测序试剂,开启基因测序质量Q40时代。该产品能够使DNBSEQ平台测序数据的质量达到Q40(99.99%)>85%*,相较于Q30的准确度提升了十倍。

illumina在23年10月份就提到NovaSeq可通过软件升级实现80%的碱基达到Q40准确度,更多的这方面的举措暂时还没查到。

优点:数据质量高

首先是测序质量,不论是PE100还是PE150都可以做到90%以上的碱基质量大于Q40,远高于MGI和ILLUMINA

从测序通量来看,其数据产出分布在100-150G,属于中低通量的范畴,与此对标的测序仪有MGISEQ-200(10G-150G)、NextSeq550(up to 121G)、Nextseq1000/2000的P2(up to 120G)。注:以上设备最大通量以PE150计算。

测序时间以PE150为参考标准,Onso需要48h。再说说竞品的,MGISEQ-200需要40h。而ILLUMINA则用时更短,Nextseq系列P2只需29h,因此在测序时间上没有优势,而且在看资料的过程中我发现Onso竟然需要单独加载且用时很长.......且待我细细说来。

缺点:单独设备加载且时间长

在小编印象里,华大智造的DNBSEQ-T7也需要配备单独的加载设备,此平台是由于芯片面积大通过常规方式加载样本均匀分布较困难,因此在加载时设计了复杂的液路体系,这个过程需要2h,一次可同时加载两张载片。但华大智造的中低通量测序仪如MGISEQ-200,DNBSEQ-G99等不需要单独的加载设备。

上图就是Onso加载的设备,需和测序仪配套使用。根据他们的操作指导所述加载时间需要超过5h,并且不包括前期的准备!这个时间应该没有算在测序时间里面。以下是加载详细的流程。

以上是对Onso测序仪的介绍,总的来看,Onso的绝杀是在测序质量上,目标领域客户是在肿瘤低频突变等对数据质量高的应用上。

下一期我们将继续聚焦Onso测序仪,介绍其测序原理、建库流程等方面的内容,欢迎大家持续关注!

这是春节前最后一篇推文,预祝大家新春快乐,龙年大吉。

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