✦ 应用背景 ✦ 肿瘤个体化治疗以疾病靶点基因诊断信息为基础，以循证医学研究结果为依据，为患者提供接受正确治疗方案的依据，已经成为现代医学发展的趋势。肿瘤的发生、发展涉及多基因调控的异常和人类遗传因素与自然环境的长期相互作用，随着基因组测试以及经验证生物标志物的可用性不断提高，肿瘤临床研究也变得日趋复杂（如肿瘤异质性、适应性、肿瘤演变和耐药性，以及药物与人体蛋白质组（即基因组表达的整套蛋白质）间未知相互作用）。基于肿瘤相关基因的全景变异分析，单次检测可筛选出更多具有辅助临床诊断价值的信息，用于指导治疗、预测药物疗效及评价预后，从而显著提高疗效，减轻不良反应，促进医疗资源的合理利用。
图1 . 临床医生对NGS检测复杂度的要求 为满足临床对于单次多种生物标志物的检测需求，真固生物基于杂交捕获测序技术，依托MGI、Illumina两大高通量测序平台，推出Z-Capture Pan-Cancer 580 Gene Panel（Z-Capture 580），检测580+个肿瘤相关基因，覆盖靶向用药、化疗用药毒性及敏感性、免疫通路和肿瘤遗传易感相关基因的位点信息。本产品还可以进行肿瘤突变负荷（TMB）评估，以预测免疫治疗疗效，为精准医疗、联合用药、临床实验入组等提供全面有意义的信息。 ✦ 产品简介 ✦ 2.1 产品参数
表1. Z-Capture Pan-Cancer 580 Gene Panel参数列表 2.2 产品优势 >> 全景变异分析 基于Z-Capture 580可在单次检测中评估数百个基因，包括指南和临床试验已确定可用于指导治疗的肿瘤相关生物标志物。可检测所有主要的基因组变异类别（SNV、插入缺失、CNV、融合），以及大基因组特征【TMB、MSI、HRD（HRR相关基因）】，最大限度地提高发现临床目标变异的能力。
图2. Z-Capture Pan-Cancer 580 Gene Panel整合Foundation One、MSK IMPACT和TSO 500检测内容。Z-Capture 580 = MSK +FMI +TSO500+ Others >> 整合检测，节省时间和珍贵样本 Z-Capture 580不仅可以评估常见的生物标志物，还可以评估罕见的生物标志物，从而增加识别目标变异的机会，节约活检样本，减少再次进行活检的风险和成本。 在无法获得组织标本时，也可以考虑采用液体活检样本进行检测（血液等）。而同步采取组织+血液双检策略可以揭示更多关于肿瘤相关基因变异信息。 >> 性能卓越 基于真固自主研发的杂交捕获体系，数据表现稳定、优异。比对率＞99%、中靶率：85%~90%、覆盖均一度：>90%。组织检测下限可低至1%，ctDNA检测下限可低至0.2%。
图 3. Z-Capture Pan-Cancer 580 Gene Panel 在不同癌种检出率。580 Panel 针对各种癌症种类进行优化，具有高效的检出率。 我们统计了525例临床样本使用580panel检测的结果，其中组织样本376例，血液样本147例。血液样本阳性检出率达到100%，组织样本阳性检出检出率达到94%以上。
图4. 检出用药变异和各癌种阳性检出率的统计数据
2.3 性能评价 1) 使用NA12878、NA12877、菁良生物泛肿瘤800 gDNA对Panel的性能参数进行验证。
2)使用菁良生物泛肿瘤800 gDNA对Panel的突变检测准确性进行验证。
图7. SNV 突变检测统计。1% ~ 7% SNV均稳定检出
图8. Indel突变检测统计。2%~3%的Indel 均稳定检出
表2. 融合及拷贝数突变检测统计。融合及拷贝数变异均稳定检出 3) Z-Capture Pan-Cancer 580 Gene Panel与WES检测TMB的一致性分析。
图9. 580 Gene Panel与WES检测TMB的一致性。580 Panel与WES具有良好的一致性，其R2≥0.96 4) 临床样本检测经典案例分享
图10. EGFR L858R 不同变异形式
图11. TP53：c.75-20_96+32del Exon_Loss 580 Gene Panel 检测结果：MSH6 Py535* 突变；TMB=76，MSI-high
图12. 580 Gene Panel 检测TMB & MSI & dMMR
图13. 罕见ERBB2变异与CDK4扩增共存 ✦ 临床意义 ✦ 癌症是由一系列的基因突变造成的，临床研究表明只有一小部分癌症与强单基因性状相关，而大多数癌症是受多基因影响的。这种癌症不是由确切的某一个基因引起的，而是与许多基因位点都有关，每个基因位点都促成了癌症风险。同时，不同的瘤种既可存在瘤种特异性的驱动基因变异，也可能存在共同的基因变异。一个瘤种存在众多的分子变异亚型，从而提出"同病异治"或"分型而治"的策略；不同瘤种之间由于存在共同的驱动基因分型，则可以采取"异病同治"的策略。基于整合多肿瘤的全景变异分析技术Z-Capture Pan-Cancer 580 Gene Panel可分析涉及评估频繁突变的基因，以及与多种癌症相同的其他基因组异常，对癌症的精准诊断具有重要意义。
（图片来源于网络，若侵删） 表3. 截至2021年6月FDA批准的药物伴随诊断相关生物标志物
上海真固生物科技有限公司，由位于波士顿和上海的创始人共同创立，是一家兼具中国文化基因和美国科技背景的精准医疗技术公司，致力于以高通量测序文库制备技术及配套数据分析系统为核心的IVD产品研发转化，以及临床级精准诊断整体解决方案的开发应用。
公司拥有成熟的针对全样本类型的高通量测序“一管”文库制备技术和基于RNA的融合基因检测技术，大幅降低了检测成本；与试剂配套的易学易用的生物信息学分析软件，可以“一键”完成从原始数据到突变列表注释的全部数据分析流程。同时提供从样本提取到报告的全流程自动化、“一体化”院内LDT/IVD整体解决方案。综合技术优势和成本优势的叠加，解决了当前高通量测序技术在应用推广过程中存在的效率低、准确率低、流程复杂、成本高等障碍，使高通量测序可以在院内实现“一天”级实验流和两天级工作流。推动了基因检测在肿瘤、遗传病等领域的普及应用与发展。 目前，公司已获得包括美国FDA、中国NMPA、欧盟CE在内的三地NGS跨癌种通用伴随诊断试剂盒注册证，是全球首家获此殊荣的NGS精准诊断产品供应商。并且已经与包括ILMN、MGI在内的国际主流测序平台及跨国药企开展了IVD、LDT及伴随诊断多方广泛合作，可同时提供IVD/LDT系列标准产品、5000+扩增子一管个性化定制产品和全外包基因检测服务。随着更多跨平台、一体化、临床级精准诊断产品的不断推出，真固生物将和医疗机构、医学检验实验室、药厂、CRO等更多合作伙伴一道，推动精准医疗触手可及，真正实现精准医疗大众化。
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