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接头那些事|一文搞清 NGS 测序 Adapter

2022-12-27 15:09| 编辑: 归去来兮| 查看: 3658| 评论: 0|来源: 纳昂达 | 作者 :Timoth

摘要: 我们将以上游原材料中的“接头”为主题进行介绍,一起探讨 Adapter 在整个测序中的作用。

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背景

与传统一代 Sanger 测序,荧光定量 PCR,FISH 等分子诊断技术相比,二代测序技术(NGS)在通量、检测范围、灵敏度和特异性方面具有很大的优势。因此,NGS测序技术不断被应用于肿瘤,遗传病,病原微生物领域,同时对检测结果的准确性也提出了更高的要求。以血液 ctDNA 检为例,2022 年 6 月 16 日 IMvigor010 研究中基于血液 ctDNA 监测在早期肿瘤根治术后辅助治疗中的应用,表明了液体活检技术可以作为手术后判断是否有必要进行免疫辅助治疗的预测性指标[1] 。然而,在最新的 ESMO 临床血液 cfDNA 诊断中提及, ctDNA 可以作为晚期癌症患者基因分型和治疗选择的标准,但是检测准确性是难点。受限于 cfDNA 在血液中含量低并且半衰期短等原因,如何做好此类高难度样本的高通量测序实验是个很重要的问题。这其中除了 ctDNA 自身特性的原因以为,还牵涉上游原材料、实验操作、测序、生信分析以及报告解读等内容,所有流程环环相扣。其中,酶、接头、探针、引物等原材料又是整个湿实验的核心。

本文,我们将以上游原材料中的“接头”为主题进行介绍,一起探讨 Adapter 在整个测序中的作用。

我们将分别从接头的基本结构、接头类型开始,详细介绍不同平台接头之间的区别以及如何实现平台之间的转化;探讨在高通量测序技术不断发展的过程中,接头是如何不断“进化”,贴近使用需求,满足高标准检测需求。

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