PCR实验室开展哪些检验项目？这一篇够了！

2022-9-13 15:55| 编辑: 归去来兮| 查看: 8213| 评论: 0|来源: 检验星空

摘要: 除了新冠核酸检测，我们“万能”的PCR实验室还能做些什么呢？

PCR实验室又叫基因扩增实验室，实时荧光定量PCR技术是DNA定量技术的一次飞跃，是用于放大特定的DNA片段，可看作生物体外的特殊DNA复制。通过DNA基因追踪系统，能迅速掌握患者体内的病毒含量，其精确度高达纳米级别。而实时荧光定量PCR则是实现该项技术的载体。PCR实验常用来检验艾滋病、乙型肝炎、禽疫病等病毒感染性疾病，通过将病毒体内所含的基因进行扩增的方法，测出一些病毒含量不高的感染者体内是否含有特定的病毒。PCR检测方法具有灵敏度高、特异性高、快捷、对样品要求低等优点，因此被临床医生广为认可，已广泛应用于医院的临床诊断和各防疫检测部门的禽疫病诊断。

在国家政策和疫情发展的推动下，各地区各级医院都开始或者准备建立独立合规的PCR实验室，都已具备核酸检测能力已经成为各医疗机构。但由于各地区疫情的差异化使得长期低风险地区的一些核酸实验室除了具备应急功能之外几乎处于停滞状态。此类情况也是各级医院领导在建立实验室最担心的问题，投入了资金和精力但又不能给医院带来创收。

PCR实验室其实功能极其强大，定性分析和定量检测是它最大的两个应用方向，那除了新冠核酸检测，我们“万能”的PCR实验室还能做些什么呢？接下来就给大家展示几个具体应用方向的项目示例，也希望通过这些示例可以给各级医疗系统提供一些项目开展的思路和方向。

一、病原体检测

PCR技术的问世使病原体检测能够快速、方便地进行。由于PCR技术假阳性率太高，只要有微量病原体存在就可得到阳性结果，这并不能作为诊断依据，只有当一定数量的病原体存在时才有临床意义。

因此，对模板准确定量显得特别重要，应用荧光技术PCR就能够快速、准确地得到结果。对于解决免疫学检测的“窗口期”问题，判断疾病是否处于隐性或亚临床状态，以及抗体检测不能判定是现症感染还是既往感染时，均可利用PCR进行确定。

示例：新型冠状病毒核酸检测。

方法学：荧光PCR法。

用途：用于体外定性检测新型冠状病毒感染的肺炎疑似病例、疑似聚集性病例患者、其他需要进行新型冠状病毒感染诊断或鉴别。

检测基因：新型冠状病毒（2019-nCoV）ORFlab和N基因、E基因。

标本类型：上呼吸道标本：咽拭子、鼻拭子；下呼吸道标本：呼吸道抽取物、肺泡灌洗液样本、肺组织活检标本。

检测流程：

（1）核酸检测前的生物安全防护（工作人员个人三级防护的穿戴）→（2）样本的灭活（56℃灭活30分钟）→（3）样本的核酸提取（手工、核酸提取仪）→（4）PCR体系的配制和模板加样→（5）上机检测及结果分析→（6）检测后的消毒。

其他病原体检测：HIV、甲乙丙肝、HPV、淋球菌、巨细胞病毒、沙眼衣原体、肺支、肺衣、EB病毒、腺病毒、胞病毒、手足口、甲乙流、埃博拉病毒、B族链球菌、HIV-1RNA检测、HIV耐药基因检测。

适合开展的医院：二三甲综合医院、人民医院、中医院、妇幼、结核病医院、传染病医院、第三方、各种级别的有需求的医院。

二、遗传病检测

基因突变和拷贝数变异是遗传病发生的主要遗传学基础，也是遗传病检测的主要靶标。遗传病的复杂性伴随着基因突变数目多、类型广；基因拷贝数变异不仅表现为缺失和复制，而且缺失位置、大小以及复制倍数都呈现多样性。遗传变异的复杂性为遗传病的临床检测提出了技术挑战。实时PCR技术是我们最近发展起来新一代实时PCR技术，利用荧光标记或熔点分析，可以在单个反应管内检测多个靶标。

示例：人Y染色体AZF区微缺失检测。

方法学：荧光PCR法。

用途：本产品用于定性检测男性全血样本中 Y 染色体无精子症因子。（azoospermia factor，AZF）区域是否存在缺失，具体检测缺失位点为：AZFa：sY84、sY86；AZFb：sY127、sY134；AZFc：sY254、sY255；AZFd：sY145、sY152。

临床研究表明，Y 染色体 AZF 区（AZFa, AZFb, AZFc, AZFd）不同程度的缺失可导至男性的少精症、无精症或精子畸形等症状，从而导至男性不育。本试剂盒可辅助诊断确诊不孕不育患者的病因分析，检测结果仅供临床参考，不能单独用做确诊或排除病例等临床诊断的依据。

标本类型：全血。

检测流程：

（1）样本处理及 DNA 提取（在标本制备区完成）→（2）样本处理及 DNA 提取（在标本制备区完成）→（3）加样（在标本制备区完成）→（4）PCR 扩增（在扩增区完成）→（5）结果分析与判定。

其他同类项目：地贫、耳聋、苯丙酮尿症（PKU）、蚕豆病（G6PD）、脊髓型肌萎缩（SMA）、进行性肌营养不良（DMD）、强直性脊柱炎（HLA）、血友病。

适合开展的医院和科室：二三甲综合医院、人民医院、中医院、妇幼、第三方、各种级别的有需求的医院。

三、个性化用药

药理学和药物基因组学的发展，阐明了药物代谢和效应个体差异的遗传本质，药物异常反应主要是因为药物代谢酶基因变异而导至酶活性异常，进而导至服药后体内药物未能被正常代谢、消除而排出体外,使得体内药物浓度过高或过低，达不到理想的治疗效果。这种异常药物反应，可通过检测与患者所服用药物相关的遗传基因，调整药物剂量或寻找替代药物，最大程度地制定出更合理、有效、经济的药物治疗方案。

示例：心血管个体化用药指导检测：CYP2C19基因突变检测试剂盒、CYP2C9基因突变检测试剂盒、ALDH2基因突变检测试剂盒、MTHFR基因突变检测试剂盒。

方法学：荧光PCR法。

用途：氯吡格雷、华法林、硝酸甘油及叶酸均为心血管临床上常见的药物，心血管用药指导分子生物学检测，明确基因分型，药学部临床药师根据检测结果，并综合考虑患者自身因素、临床诊断以及联合用药等相关信息，为临床出具个体化用药建议。

标本类型：全血（本试剂盒无需提取DNA，加样直接PCR）。

检测流程：

（1）配制反应体系（在样本准备区完成）→（2）直接加入全血（在标本制备区完成）→（3）PCR 扩增（在扩增区完成）→（4）结果分析与判定。

其他同类项目：他汀类用药（ApoE）、β受体阻滞剂（ADRB1）、儿童安全用药、肿瘤靶向化疗个性化用药（EGFR、kRAS）类。

适合开展的医院和科室：心血管医院、肿瘤医院、第三方、各种级别的有需求的医院。

四、肿瘤基因检测

肿瘤是危害人类健康的一种疾病，它的恶性程度与预后判断主要依靠是否有转移和病理切片分期。随着分子生物学的迅猛发展，肿瘤研究领域的大量研究成果显示，肿瘤的发生、发展、治疗和预后与肿瘤细胞内部基因和肿瘤相关病毒有关。很多原癌基因和抑癌基因的表达情况的检测都可揭示了癌变的可能性，而PCR方法学可以解决此类问题，此外，PCR方法用于体外定性检测人外周血血浆中septin9基因甲基化，用于各种肿瘤的临床辅助诊断。

标本类型：全血/组织。

检测流程：

（1）PCR反应体系构建（在试剂准备区完成）（2）样本处理及 DNA 提取（在标本制备区完成）→（3）亚硫酸盐转化（在标本制备区完成）→（4）PCR 扩增（在扩增区完成）→（5）结果分析与判定。

其他同类项目：SHOX2基因、RASSF1A基因、SDC2基因甲基化、MGMT基因甲基化、EGFR突变、KRAS突变、BRAF突变、PIK3CA突变、C-KIT基因、HER2基因、RNF180、her2。

适合开展的医院和科室：肿瘤医院、第三方、各种级别的有需求的医院。

附：44项分子诊断项目临床意义。

序号	类别	项目名称	临床意义
1	核酸检测（病毒学）	乙型肝炎病毒核酸HBV DNA	1.HBV-DNA是乙肝病毒存在直接的依据，HBV-DNA是乙肝病毒复制的标志，评价乙肝病毒复制水平，传染性强弱、药物疗效的指标。 2.乙肝病毒感染的诊断，HBV-DNA阳性是患者具有传染性的标志，HBV-DNA对乙肝两对半起补充作用。 3.HBV-DNA是目前判断乙肝抗病毒药物疗效敏感的指标，评价乙肝病毒复制水平、传染性强弱的指标。 4.HBV-DNA可检测出隐匿性慢性乙型肝炎。
2	核酸检测（病毒学）	丙型肝炎病毒核酸HCV RNA	1.HCV是输血后肝炎和散发性非甲非乙型肝炎的主要病原，HCV感染可导至慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌等多种肝脏疾病。 2.HCV-RNA检测用于丙肝病毒感染的早期诊断，鉴别丙肝病毒的活动性和复制程度。 3.HCV-RNA定量可及时估计应答情况、及时调整疗程以及指导用药，为疗效观察及预后判断提供客观指标。 4.弥补ELISA方法的高漏检率，HCV-RNA可作为HCV感染诊断的指标。 5.抗-HCV阳性而血清中没有HCV-RNA提示既往感染，在血清中检测不到HCV-RNA并不意味着肝脏没有病毒复制。 6.免疫功能低下，抗-HCV阴性仍可检测到HCV-RNA，此类患者适宜采用HCV核心抗原或抗原-抗体联合检测试剂进行检测。
3	核酸检测（非病毒)	结核杆菌 TB DNA	1.结核杆菌感染的快速诊断，结核杆菌因其培养周期长，临床很难采用培养方法进行结核杆菌感染的快速诊断，而采用PCR方法，则可以做到这一点，如通过对痰、血液、淋巴液、脑脊液、胸腔积液、腹水等标本中结核杆菌的PCR检测，可快速诊断肺结核、结核杆菌菌血症、淋巴结合、结核性脑膜炎、结核性胸腹膜炎等。 2.抗结核治疗的监测，在抗结核治疗中，采用PCR方法定期检测，可评价抗结核药物的疗效。 3.要注意临床“假阳性”问题，PCR检测的是病原体核酸，不管结核杆菌是否为活细菌，PCR均能检出，在经抗生素治疗一个疗程后，建议两周后再做PCR检测，以避免临床假阳性。
4		沙眼衣原体CT DNA	1.结果呈现阳性时表示存在CT相关病原体核酸,在排除以下几种因素后可确诊为CT感染:①在CT的诸多检测手段中,PCR方法所检测靶物质为核酸,不受标本生物活性的限制,对于已经死亡的病原体仍可检测出来,即感染后药物治疗有效的情况下,患处仍会有少量已死亡的病原体存在。应在停药2周后进行检测,若在用药期间进行病情的监测,则应与临床症状相结合,必要时应用培养方法进行确诊。②PCR反应检测的靶物质为核酸,如果操作不慎造成样本之间的污染,则可能出现假阳性的情况,需要样本的运送和操作都要严格按照规程进行。 2.当检测结果呈现阴性时,表示无CT感染,但仍需要排除以下几种因素:①排除PCR抑制物导至的假阴性现象,在结果的认定上需要注意。②耐药引起的基因突变也会导至扩增的失败,出现假阴性结果。在临床体征和症状很明显而多次PCR检测均阴性的情况下,要考虑这种情况的发生。
5		淋球菌 NG DNA	NG DNA检测对淋病的早期诊断、治疗、防止慢性感染有重要价值。细菌培养尽管是“金标准”,但烦琐费时,临床采用实时荧光PCR方法可很好的解决淋病奈瑟菌感染快速诊断的问题,尤其适用于泌尿生殖道感染的早期诊断及无症状的携带者的检测。
6	人乳头瘤病毒基因分型	人乳头瘤病毒 -HPV-6、-11、-16、-18、-31、-33、-35、-39、-42、- -44、-45、-51、-52、-53、-56、-58、-59、-66、-68和-81型	HPV广泛存在,人类的HPV感染率很高。在临床上,根据HPV亚型致病力大小或致癌危险性大小不同可将HPV分为低危型和高危型两大类。低危型HPV主要引起肛门皮肤及男性外生殖器、女性大小**、尿道口、阴道下段的外生性疣类病变和低度子宫颈上皮内瘤,其病毒亚型主要有HPV6、11、30、39、42、43型及44型。高危型HPV除可引起外生殖器疣外,更重要的是引起外生殖器癌、宫颈癌及高度子宫颈上皮内瘤,其病毒亚型主要有HPV16、18、31、33、35、45、51、52、56、58型和61型。80%的子宫颈癌是由16、18、31、45这4型HPV引起。尽管有近百种HPV亚型,但临床上最重要的有HPV6、11、16、18、31、33、35、38型8个亚型,是引起肛门外生殖器尖锐湿疣和宫颈病变的主要HPV亚型。
7	巨细胞病毒核酸	巨细胞病毒核酸	1.巨细胞病毒常引起肺炎及器官移植病人的感染，为HCMV感染的早期诊断和鉴别诊断提供诊断依据。 2.定量测定CMV-DNA，有助于HCMV感染者抗病毒药物治疗的疗效检测监测。 3.可用于器官移植、免疫缺陷患者、抗肿瘤治疗中HCMV感染的监测，器官移植后由于免疫抑制剂的使用，免疫缺陷和恶性肿瘤患者抗肿瘤治疗造成免疫系统损伤，检测这些患者CMV-DNA，有助于及时采取相应的治疗措施，避免严重后果。 4.可用于死胎、畸胎、流产、低体重儿、婴儿肝炎综合症的病因学研究。 5.用于CMV与肿瘤的关系研究:现认为CMV与宫颈癌、睾丸癌、前列腺癌、Kaposi肉癌、成纤维细胞癌、Wilms瘤与结肠癌等肿瘤的发生有关。
8	/	EB病毒核酸检测	1.EB病毒是传染性单核细胞增多症的主要致病原,鼻咽癌、伯基特淋巴瘤、免疫低下或缺陷者B淋巴细胞恶性肿瘤、霍奇金病和移植后恶性淋巴瘤等均有阳性。 2.EB病毒DNA检测是EB病毒感染的

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