DNA聚合酶是PCR反应中不可或缺的组成部分,是参与DNA复制中的重要酶,被用在生物及医学等领域的各个研究方向上。PCR技术发明至今40多年的时间里,从早期被发现的TaqDNA聚合酶到现在,酶越来越多样化。
随着新酶的发现和对旧酶的改造,DNA聚合酶的保真性、特异性、灵敏度等都获得了明显的改进。而高保真DNA聚合酶的出现正是顺应了市场需求,下面小编将围绕高保真DNA聚合酶的作用原理和应用方向等进行介绍。
图1. PCR扩增的整个检测过程[1]
什么是高保真酶
高保真DNA聚合酶有聚合中心和酶切中心,聚合中心具有5'→3'的DNA聚合酶活性,可沿 5'→3'方向催化合成DNA;酶切中心具有3'→5'外切酶活性,可以进行碱基错配的修复。常见的高保真DNA聚合酶类型有Pfu、KOD等。
图2. DNA聚合酶的作用原理[2]
如何选择高保真酶
对于测序、基因功能研究、蛋白表达、定点突变等,高保真性的扩增是非常重要的,可以确保各种扩增子的可靠扩增。以测序文库扩增过程为例,测序过程中的突变会给序列拼接造成困难,甚至会干扰某些需要低频检测的分析结果。对于市场上琳琅满目的各种高保真DNA聚合酶,选择一款合适的酶产品是极为必要的。市面上常见的高保真酶特性主要包含保真度、扩增速率、特异性、是否耐U等。
保真度:错配率是计算高保真DNA聚合酶保真性的一个通用标准,错配率越低代表其保真性越好,保真度常用错配率的倒数表示(保真度=1/错配率),不同的测定方法也会产生不同的结果。常见的测定方法有以下三种:
扩增速率:合成能力是评估高保真DNA聚合酶非常重要的因素。原始的高保真DNA聚合酶因为具有较强的3'→5'外切酶活性,其合成能力较低。
特异性:PCR扩增由低温上升至高温的过程中,酶的弱活性极易造成错配或形成引物二聚体,这种非特异性扩增会显著降低产物质量。为了减少这种现象的发生,可以人为的在开始延伸之前不让酶发挥活性,以保证扩增的特异性,这种方式也被形容为酶的热启动。
是否耐U:Pfu校正DNA聚合酶不能兼容dUTP,需要经过特殊改造后方可耐受尿嘧啶,然后才能应用甲基化文库构建或者定点突变等。 |