【简报】国产NGS测序仪迎来新成员
2022-5-10 11:12|
编辑: 归去来兮|
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评论: 0|来源: 基因江湖 | 作者：木易
摘要: 今天，国产NGS测序仪迎来新的成员：铭毅智造Uniseq2000，做个简报。
哥伦比亚教授Jingyue Ju教授，及其学生伍建（迈基诺创始人）、陈鑫。本次发布的Uniseq2000，还是基于二代测序经典的边合成边测序(SBS)的测序化学技术，与既往平台不同的是，其测序试剂采用的是一种环境敏感的单色荧光标记技术。关于该技术的细节，感兴趣的同学，建议参看其发布的专利（文末附原始文档下载）：“原二代SBS测序方法中影响读长的一个重要原因，在于迄今为止开发的可逆终止子核苷酸类似物在切割携带荧光团后，无法将荧光基团和碱基之间的链接基团完全去掉，都会在碱基处残留约一定长度的小分子基团(如乙二醇修饰的炔丙基氨基部分)，并随着每一轮的SBS 不断的在新形成的DNA双链上累积，到一定程度后， 这些残基可能足以干扰DNA双螺旋结构的稳定性和二级结构，从而影响DNA聚合酶对其的识别进而终止链增长反应，限制测序读段长度。为此，有研究者设计了单修饰可逆终止子(MRT)，即把可逆阻断保护基团和荧光基团同时修饰3'‐H基团上，该修饰可以起到双重作用,既为荧光信号的报道子又作为可逆终止子，该修饰方式理论上可以成功的避免采用NRT测序时在碱基上留下的残基，从而降低对DNA双链稳定性以及聚合酶识别等影响，以提高测序的读长。这种方法的主要挑战是，由于在由聚合酶与互补核苷酸和DNA模板形成的复合物状态下，核苷酸的3’‐OH位置非常靠近DNA聚合酶的活性位点处的氨基酸残基，因此DNA聚合酶难以接受3’‐大分子染料修饰的核苷酸作为底物。本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：一种基于环境敏感染料的单色荧光MRT基因测序试剂及方法，包括聚合酶、四种不同的被标记的核苷酸类似物，四种所述核苷酸类似物的核苷酸3′位置处的羟基均被保护基团或可切割连接基团修饰，且保护基团或可切割连接基团能被切割脱离重新将3′‐OH裸露出来，所述可切割连接基团通过共价键或非共价键与环境高敏荧光基团或环境高敏荧光基团标记物链接。”每个循环测试步骤过程中两次拍照获得的图像之后，对同一个位置的核酸双链分子簇的荧光信号进行比较，若在扫描图像A和扫描图像B中均有荧光信号，则并入的核苷酸衍生物的为A，相应的，可确定该DNA模板上对应位置上的碱基为T；若在扫描图像A和扫描图像B中均无荧光信号，则并入的核苷酸衍生物的为3’‑N3‑dGTP，相应的，可确定该DNA模板上对应位置上的碱基为C；依此类推如下表所示：
芯片及光学部件亦有优化，同样可参看其发布的专利（文末附原始文档下载）。
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