检测CNV的方法汇总

CNV（Copy number variation，基因片段拷贝数变异）会影响到基因组的稳定性、基因的功能。

       肿瘤中有相当一部分是因为促进细胞增生的基因的拷贝数增多了，例如：HER2基因的倍增是乳腺癌的重要病因；又如抑制细胞分裂的基因丢失也会导致癌症的发生，例如：TP53基因的丢失。因此CNV在基因组学中很重要。

       在此，把检测CNV的手段做一个汇总。

全基因组测序

全基因组测序是最直接的方法，当一个地方有片段缺失，或者片段增多的时候，测序的覆盖深度会马上显示出片段的增多或缺失
全基因组测序，可以很快地对整个基因组的CNV进行扫描
全基因组测序，仍然是成本最贵的方法，在Illumina推出HiSeq X 10之后，市场服务价大约在2万人民币一个人全基因组测序
下图是用全基因组测序，得到的覆盖深度，哪里有增加，又哪里有缺失，明楚得很

主要服务商：药明康德、诺禾致源

生物芯片

生物芯片是在全基因组之外，通量第二的CNV检测手段
Illumina、Affymetrix、Agilent三家公司都有成熟的全基因组SNP/CNV芯片供应
Affymetrix 的CytoScan HD有约190万CNV位点探针，这些探针较为均匀地分布在整个基因组
Illumina有中华芯片
Agilent有CGH芯片
实验费用：约2000~5000元一个样本
下图是用Affymetrix的SNP 6.0芯片做的全基因组拷贝数变异的实验结果，相比于全基因组测序，其清晰程度差了较多

主要服务商：北京生物芯片公司（博奥），上海生物芯片公司（伯豪）

CNVseq法

适用于一次500~2000个目标位点的检测
原理：
类似Golden Gate
用延伸、连接、多重PCR的方法，把目标区域扩增出来
高通量测序
生物信息分析，看目标片段的数量

主要服务公司：天昊生物

CNVplex法

适用于一次48~480个位点的检测
原理：
类似Golden Gate法
用延伸、连接，得到两侧有四种统一序列的多个位点的模板片段
用带四种荧光的四种统一扩增引物多重PCR的方法，把目标区域扩增出来
毛细管电泳，分析峰的面积

主要服务公司：天昊生物

AccuCopy法

适用于一次12~16个位点的检测
原理：
设计带荧光染料的PCR引物
多重PCR
毛细管电泳分离
测峰面积

主要服务公司：天昊生物

质谱法

Sequenom公司的MassArray质谱分析仪
通过对目标位点的PCR产物进行单碱基延伸，再跑质谱，检测目标片段的量和内参基因的片段的量得出结果
一次反应可以测几十个位点，平均到每个点、每样本是约2元人民币
下图是Sequenom测SNP的原理图，测CNV也是同样原理

主要服务公司：毅新兴业、邃志公司

Taqman法

Taqman是经典的CNV检测方法。
费用：合成一个Taqman探针的费用约1000元人民币，可以做几百个到上千个反应

原理图：

主要服务公司：生工生物公司、英骏公司